Specjalne
Utworzenie Biura Specjalnego nie zracjonalizowało dotychczasowej struktury, a właściwie tylko ją rozbudowało. W odróżnieniu od pozostałych pionów, w których obowiązywał wewnętrzny podział merytoryczny (przedmiotowy), na poszczególne obszary zainteresowania, np. w V Departamencie jeden wydział zajmował się związkami wyznaniowymi, inny młodzieżą, jeszcze inny administracją państwową — Biuro Specjalne, podobnie jak „grupa specjalna”, miało strukturę opartą na zadaniach technicznych, czyli funkcjonalną. Stworzono w nim bowiem wydziały: operacyjny, śledczy, obserwacyjny (zajmujący się inwigilacją), ogólny (m.in. kartoteki i ewidencja) oraz ochrony obiektów. W rezultacie, jak później stwierdzono, „powstało krzyżowanie się i nierzadko dublowanie spraw ”, „wydawanie sprzecznych decyzji”, nie było „jednolitości w planowaniu rozpracowań” i „jednolitej polityki represyjnej”.
W pewnym sensie wszystkie działy były dodatkiem do Wydziału Śledczego. Innym mankamentem był brak instancji Biura na szczeblu wojewódzkim, co np. warunkowało, aby każdy wyjazd funkcjonariuszy „w teren” — na przesłuchanie aresztowanego czy spotkanie z tajnym współpracownikiem, który był w gestii lokalnego ubeka — uzgadniać w odpowiednim departamencie. Natomiast siecią terenową w dalszym ciągu zarządzał departament Brystygierowej, w którym zajmowano się tym, nad czym pracowało Biuro — od „trockistów” po „Defę” i „dwójkę”. Właśnie z podpisem Brystygierowej np. komórka techniki operacyjnej otrzymała „Zamówienie PT N r 101” na założenie podsłuchu w domowym telefonie Zenona Kliszki, który wciąż (24 września 1949 r.) formalnie był członkiem KC. „Grupa specjalna” istniała już od prawie roku, a przecież to ona miała zajmować się „odchyleniem prawicowo-nacjonalistycznym” czy „gomułkowszczyzną”.
