Pisał także poezye w języku łacińskim. Między tymi prześliczny hymn do Naj. Panny: Ave coeleste lilium! — Nadewszystkie zaś celuje wdziękiem rytmu, i polotem lirycznym poemat: Philomena.
Przy wydaniach dzieł św. Bonawentury znajduje się zwykle następujące objaśnienie:
„Philomena propterea opusculum hoc inscribitur, quia multa sunt hujus avis propria, quae Sanctus Bonaventura mirifice transfert ad devotum animam, quae sanctis meditationibus velut dulcissimis Philomena cantibus resonans, Salvatoris nostri Jesu Christi vitam et ab eo in nos singularia beneficia collata jugiter contemplatur“.
Słowa te najdokładniej streszczają tę pieśń o Słowiku (philomena) którego przymioty przeniósł święty poeta na duszę pobożną, która w rozmyślaniu i zachwycie śpiewa głosem słowiczym łaski zlane na nas przez Zbawiciela.
Wszakże jest jeszcze coś więcej w tej wspaniałej pieśni, bo cały ten proces wewnętrzny że tak powiem: udramatyzowany przez jaki dusza dochodzi do połączenia się z Bogiem, a co właśnie jest zadaniem chrześciańskiej mistyki.
Poemat ten nigdy nie był na polskie tłumaczony. Filomena w oryginale łacińskim pisana jest strofami ośmiowierszowemi, z tych cztery mają rym jednobrzmiący, czego oddać w tłumaczeniu było niepodobna, bez narażenia się na wymuszoność tonu i stylu.
