Wielkie swe dzieło przekazał fundator rządowi polskiemu, a tak przeszła ona pod główny nadzór nowo utworzonej Komisyi edukacyjnej, czyli ministeryum oświaty. Składała się wtedy z 400.000 tomów. Upadek Rzeczypospolitej w roku 1795 zniszczył wiekopomną pracę Załuskiego. Przewieziono ją z Warszawy do Petersburga i wcielono do cesarskiej, liczącej 20.000 tomów. Wskutek pospiesznego pakowania i transportu, wykonanego drogą wojskową, dużo książek zostało uszkodzonych, a na złych drogach litewskich około Grodna porozbijało się wiele pak tak, że potem w Grodnie korcami księgi te sprzedawano. Według sprawozdania z roku 1809 biblioteka ta po przewiezieniu obejmowała 262.640 tomów, 24.573 sztychów i 11.252 rękopisów. Tak więc w sposób przedziwnie barbarzyński pozbawiła nas Rosya jednej z najbardziej zasobnych i najświetniejszych bibliotek, niszcząc część tych skarbów bezpowrotnie. Na szczęście dla Polski obok Załuskiego było wiele jeszcze głębszych umysłów i miłujących oświatę narodową, jak Czartoryscy, Działyńscy, Ossoliński, Czacki, Tarnowscy, Krasińscy, Dzieduszyccy i wielu innych. Obywatelska ich pomoc była konieczna tem więcej, że w okresie rozbiorów i wojen porozbiorowych padają ofiarą pożogi i rabunków liczne cenne zbiory ksiąg starodawnych, przechowywanych w zamkach i magnackich pałacach, oraz w dworach szlacheckich. Wydziedziczona ze swych skarbów Polska, ciuła w XIX wieku ponownie swe bogactwa i z pietyzmem gromadzi stare druki, przedewszystkiem w trzech książnicach: w Bibliotece Jagiellońskiej, która z zawieruchy dziejowej stosunkowo wyszła obronną ręką, w słynnym Kórniku, oraz w powstałym już na gruzach Rzeczypospolitej Zakładzie narodowym im. Ossolińskich, zwanym krótko: „Ossolineum“.
