Wszystkie pozostałe zbiory, prócz apteki i drukarni, oraz część bibljoteki pojezuickiej oddano nowej szkole na własność. Resztę zabudowań pojezuickich oddano biskupowi poznańskiemu do dyspozycji. W akademji Lubrańskiego umieszczono Seminarjum Duchowne.
Szkoła nabrała nowego charakteru i nowym ożywiona była duchem. Nie miała wychowywać ani duchownych, ani mówców lub panegirystów, ale pożytecznych ojczyźnie i światu obywateli.
Język ojczysty zdobywa sobie pierwszeństwo przed łaciną, naucza się teraz historji i gieografji ojczystej obok ogólnej, wykłada się zasady rolnictwa, historję naturalną, fizykę, język francuski i niemiecki, prawo natury, etykę, a dopiero w dwu ostatnich klasach pismo święte, historję kościelną, teologję moralną, apologetykę, wreszcie język hebrajski i grecki.
Akademicy uczęszczali codziennie z profesorami na mszę św., w niedziele i święta schodzili się do oratorjum, gdzie odprawiano różaniec, czytano żywoty świętych i krótko napominano młodzież do pobożności.
Nie zaniedbywano też wychowania fizycznego. W dni wolne od nauk wychodziła młodzież z karabinami, w płóciennych mundurkach, na błonie poza kościołem Bożego Ciała położone, gdzie odbywała ćwiczenia.
Nowa szkoła stanowiła pod nazwą Szkoły Narodowej gimnazjum. Uczęszczało do niej początkowo 200 uczniów, zwanych akademikami. Pierwszym jej rektorem był sławny Józef Rogaliński.
Szkoła Narodowa przetrwała aż do czasów Prus południowych (1793 r.)
Prusacy zamienili ją na gimnazjum symultanne z kolegjum profesorskiem, złożonem częściowo z Polaków, częściowo z Niemców, później za czasów Księstwa Warszawskiego utworzono z niego szkołę departamentową, a wreszcie w roku 1834 utworzono z niej dwa gimnazja, jedno katolickie św. Marji Magdaleny, z profesorami i uczniami przeważnie Polakami z przeważającym językiem wykładowym polskim, i drugie dla protestantów gimnazjum Fryderyka Wilhelma.
