Zadudniło kilkudziesięciu jeźdźców torowało sobie drogę wśród tłumu, chcąc dopaść do Logii i zatrzymać Girolama.
Lecz w chwili tej huknął piorun, błyskawica przeszyła niebo, lunął deszcz, jakiego najstarsi ludzie nie pamiętali we Florencyi. Trwał krótko, ale uniemożliwił próbę ognia; istne potoki spływały z zachmurzonego nieba.
— Brawo mnichy! wrzeszczał tłum — szli w ogień, a znaleźli się w wodzie! To cud prawdziwy!
Żołnierze musieli przeprowadzić Savonarolę w śród wzburzonej tłuszczy. Deszcz ustał, ale niebo pozostało ciemne i groźne.
Od „próby ognia“ we Florencyi wybuchła jeszcze żywsza nienawiść do Savonaroli. Władze miejscowe kazały opuścić miasto obu Braciom, a gdy zwlekali ze spełnieniem rozkazu, najzawziętsi z pośród ich przeciwników, zbrojni w fuzye, a nawet w armaty, otoczyli klasztor św. Marka i wtargnęli do kościoła, w którym właśnie odprawiano nieszpory.
Zakonnicy bronili się jak mogli wszystkiem, co im wpadło w ręce. Jeden wspiął się na dach kościelny i stamtąd ciskał kamienie.
Wzięto szturmem klasztor. Bracia błagali Savonarolę, aby uciekał, lecz oddał się w ręce swych wrogów. Domenico poszedł za jego przykładem. Wtrącono ich do więzienia.
Napróżno dozorcy bronili lub udawali, że bronią Savonarolę przeciw zniewagom tłumu.
Jedni policzkowali go, wołając: „Zgadnij, mężu Boży, zgadnij, kto cię uderzył?“ inni przedrzeźniali jego głos i ruchy. Inni czołgali się na czterech łapach, szukając jakby czegoś i wołali: „Gdzie kluczyk? Gdzie kluczyk? Czy kto nie widział kluczyka fra Girolama?“
Były to aluzye do klucza, o którym mnich wspominał nieraz w swych kazaniach, grożąc, że nim otworzy „skrzynię rzymskiego bezprawia“.