W owym to czasie artysta zdecydował się ostatecznie wejść w służbę Cezara Borgii. Lecz przed wyruszeniem do Romanii, gdzie wedle umowy z imć Agapitem, przybył dopiero latem 1500 r., Leonard chciał odwiedzić starego przyjaciela Girolamo Melzi i niebezpieczną chwilę wojen i buntów spędzić w jego odległej willi Vaprio, w pobliżu Modyolanu.
Rano dnia 2-go lutego, w święto Matki Boskiej Gromnicznej, fra Luca Pacioli przybiegł do malarza, aby mu oznajmić, że zamek stoi w wodzie. Medyolańczyk Luigi da Porta, będący w służbie u Francuzów, podniósł śluzy kanałów, zasilających fosę zamkową. Woda zalała młyn u wrót zamku Rochetti, wtargnęła do piwnic, gdzie przechowywano proch, wino, chleb, masło oraz inne prowianty: głód miał zmusić Francuzów do wydania fortecy.
Na to właśnie liczył imć Luigi. Skutkiem wylewu, kanały połączone z fosą, a mianowicie w nizinnem przedmieściu Porte di Verceil wystąpiły z brzegów i zalały miejsce błotniste, wśród którego wznosił się klasztor Najświętszej Panny Łaskawej.
Fra Luca obawiał się, aby woda nie uszkodziła fresku, przedstawiającego Wieczerzę Pańską. Radził malarzowi zobaczyć, co się z nim dzieje.
Na to Leonard odpowiedział, z obojętnością udaną, że niema czasu na taką wędrówkę i że jest spokojny o Wieczerzę, umieszczoną tak wysoko, że woda nie mogła jej zalać.
Lecz skoro tylko Pacioli wyszedł, artysta pobiegł do klasztoru. Wszedłszy do refektarza, na kamiennej posadzce ujrzał strugi mętnej wody, osadu, pozostałego po wylewie. Czuć było stęchliznę. Jeden z mnichów opowiadał mu, że woda dochodziła do wysokości ćwierć łokcia.
Leonard zbliżył się do muru z freskiem.
Farby pozostały żywe. Malarz przyjrzał się obrazowi przez szkło powiększające. Dostrzegł malutką skazę na dole z lewej strony. Pod stołem, przy którym siedzieli apostołowie, u stóp Bartłomieja występowała pleśń, biała, puszysta, jak szron.
