W owym czasie Leonard pracował zdala od świata, malując obraz, zaczęty oddawna na obstalunek OO. Franciszkanów do kościoła Santa Maria del Annunciata, we Florencyi.
Wśród górskiego krajobrazu, na wyżynach, zkąd było widać tylko szczyty, siedziała Matka Boska, z Dzieciątkiem na kolanach. Jezus chwytał Baranka za uszy i jedną nóżkę podnosił figlarnie, jak gdyby chciał go dosiąść. Zabawie tej przyglądała się św. Anna. Z wyrazu twarzy, ze spuszczonych oczu, a zwłaszcza z zagadkowego uśmiechu była podobna do Leonarda.
Dziecinna twarzyczka Matki Boskiej tchnęła skromnością i prostotą, i była uosobieniem doskonałej miłości, tak, jak twarz Anny symbolem doskonałej wiedzy.
Leonard zajęty był jednocześnie rysowaniem maszyn swego wynalazku.
Śmierć papieża miała wpłynąć na losy Cezara i temsamem na przyszłość Leonarda. Pomimo obojętności życiowej, artysta czuł, że szczęście odwraca się od niego.
Na wieść o zgonie Aleksandra i o chorobie Cezara, wrogowie nieprzyjaciele Borgiów porozumieli się wzajem i wtargnęli do rzymskiej Kampanii. Konklawe, zwołane dla wyboru nowego papieża, domagało się wydalenia Cezara z Rzymu. Ci, którzy niedawno drżeli przed nim, gotowi byli teraz go deptać.
Na jesieni 1503 r. gonfalonier republiki florenkiej, Piotr Sodercini, wszedł w układy z Leonardem i wyprawił go do Obozu w Pizie, w charakterze wojskowego inżeniera, dla budowy machin wojennych.
