Ślad był, że trumnę restaurowano takie w r. 1840.
W r. 1877, gdy ogólną restauracyę grobów królewskich przedsięwzięto, okazała się potrzeba wzmocnienia fundamentów ścian katakumby, a szczególniej pomnika Stefana Batorego, z którego trumnę wydobyć musiano.
Odjąwszy posadzkę kaplicy dla podsunięcia podwalin, poszukano takiego otworu do katakumby, przez któryby bez naruszenia grobu Elżbiety Pileckiej, spoczywającej tuż obok króla Stefana, trumnę jego wydobyć było można. Stało się to dnia 20 lipca 1877 r., w obec świadków podpisanych na protokóle tej czynności, sporządzonym przez konserwatora.
Zwierzchnią trumnę z grubych blach cynowych, rozpadłą w spojeniach, postawiono w kaplicy biskupa Tomickiego, wewnętrzną zaś drewnianą, oblaną ciekącą jeszcze z niej żywicą, a odzianą szczątkami zbutwiałego aksamitu, zaniesiono do oratoryum Zadzika.
Ponieważ trumna ta była spróchniała, więc okazała się nagła potrzeba zastąpienia rozsypującego się wieka nowem, a pod dno podsunięcia drugiego, iżby nowy wierzch obręczami żelaznemi, do niego przyśrubowanemi, połączyć ze spodem. Dokonano tego doraźnie, bez najmniejszego wstrząśnienia, a tem mniej naruszenia zwłok, których się nikt nawet nie dotknął. Matejko odrysował je, a p. Ludwik Łepkowski ponotował, co mu potrzebnem było do zrobienia akwarelli wnętrza trumny. Czynność ta, zaczęta i skończona modlitwami księży, nie trwała w owym dniu dłużej nad półtorej godziny. Trumnę tak wzmocnioną i ubezpieczoną, zamknięto, obszywszy ją płótnem i opieczętowawszy (po spisaniu protokółu) pieczęciami kapituły katedralnej i konserwatorską. Aż do chwili przysposobienia grobu i wyrestaurowania trumny zwierzchniej, metalowej, pozostawiona była w kaplicy biskupa Zadzika, na stopniach ołtarza, szkarłatną jedwabną makatą okryta.
Po odkryciu zwłok, okazała się na poduszce aksamitnej (w zgięciach okazującej barwę ponsową) czaszka zczerniała, dobrze dochowana, z wąsem i brodą brunatnego koloru. Na niej była korona zzieleniała, wycięta z miedzianej, a pewniej ze srebrnej blachy; takież berło leżało po prawej, a jabłko na lewem ramieniu.
