Zbory na kresach wschodnich, przejęte pod zarząd Konsystorza Warszawskiego, należały uprzednio do właściwości: wołyńskie Konsystorza Petersburskiego, wszystkie inne —Konsystorza Kurlandzkiego. Wszystkie zbory posiadały ciała samorządowe, zwane radami kościelnemi. W ten sposób przejęcie kresów wschodnich pod zarząd Konsystorza skutkowało dla nich tylko zmianę konsystorza oraz—wprowadzenie języka polskiego, jako urzędowego. Poza tem we wszystkich zborach utrzymane zostały dawne porządki, przedewszystkiem wybór pastora przez zebranie ogólne parafjan (zamiast gubernatora wybór zatwierdza obecnie wojewoda), tudzież funkcjonowanie dawnych rad kościelnych.
Zarząd spraw wyznania ewangelicko - reformowanego na kresach wschodnich, według przepisów tejże ustawy wyznań obcych (art. 984—993), należy do Synodu i Kolegjum, urzędujących w Wilnie. (art. 9844). Synod E.-R. w Wilnie, zwoływany raz lub dwa razy do roku celem rozstrzygnięcia spraw najważniejszych, składa się z wszystkich przedstawicieli duchowieństwa i szlachty (art. 985). Załatwianie spraw bieżących powierzone jest Kolegjum Reformowanemu w Wilnie, składającemu się ze świeckiego prezesa, wiceprezesa duchownego oraz trzech członków duchownych i trzech członków świeckich, wszystkich z wyboru Synodu. Wybór prezesa i wiceprezesa wymaga do ważności zatwierdzenia przez rząd (art. 986).
Synod Wileński Ewangelicko-Reformowany („Jednota litewska“), zgromadzony w Wilnie dnia 18 listopada 1918 roku, uznał za wskazane i niezbędne odrzucić przemocą narzucone mu przez rząd zaborczy ograniczenia wyznaniowe i powrócić do praw i ustaw, używanych przez kościół E.-R. na terenach, podległych Synodowi Wileńskiemu E.-R. (b. W. X. Litewskiego), a zagwarantowanych
