1. Wielki ołtarz św. Małgorzaty, istniejący jeszcze, jak wieść niesie, od czasów kardynała Zbigniewa Oleśnickiego. Cały kamienny rzeźbiony o 3 stopniach, lecz budowy stosunkowo za niskiej do wielkości kościoła. W środku mieści się płaskorzeźba, przedstawiająca postać Matki Boskiej, a obok niej św. Małgorzaty i św. Marcina. Dwa boczne skrzydła, któremi zamyka się ta płaskorzeźba, są również rzeźbione, z wizerunkiem Zwiastowania, Nawiedzenia, Narodzenia Chrystusa i Trzech Króli.[1] Na szczycie ołtarza są dwie płaskorzeźby z wyobrażeniem historyi: Ukoronowania Matki Boskiej i jej Wniebowzięcia. Ten ołtarz nie ma osobnego uposażenia, ale według dawnego zwyczaju śpiewają przy nim sumy i inne wotywy prałaci, kanonicy i wikarzy.
2. Ołtarzyk Matki Boskiej, z lewej strony wielkiego ołtarza, również kamienny o jednym stopniu. W nim mały obraz Matki Boskiej, z dwoma bocznemi jeszcze mniejszemi obrazami: św. Katarzyny i św. Agnieszki. Na szczycie jest obraz św. Jakóba większego, sprawiony i ozdobiony przez Annę Kesypiotrkową, obywatelkę sandecką. Przy tym ołtarzyku odprawiają księża wikarzy raniutko msze św. w dni powszednie, według dawanego zwyczaju.
3. Ołtarz Bożego Ciała w nawie kościoła, po prawej stronie idąc z presbiteryum, budowy kamiennej, z menzą również kamienną, ozdobioną kwiatami różnego koloru, o dwóch stopniach. Otoczony jest zewsząd żelaznemi kratami, przed któremi jest stopień dla wygody komunikujących; w nim bowiem znajduje się obszerne tabernakulum z Najśw. Sakramentem, obite dokoła czerwonym barchanem. Ołtarz ten fundowany przez Annę Drabową 1542 r., odnowiony zaś i malowidłami przyozdobiony przez Jadwigę Fratrowiczową, obywatelkę sandecką. Wyposażył go najprzód ks. Maciej z Brzeźnicy, kustosz kollegiaty sandeckiej, czynszem rocznym 16 grzywien dla dwóch altarzystów, od kapitału 400 grzywien ubezpieczonego na dobrach miejskich, co zatwierdził 22. marca 1525 Piotr Tomicki, biskup krakowski i poznański, podkanclerzy koronny. Później znów ks. Jan pleban ze Zborowic, a prepozyt kościoła szpitalnego św. Walentego w Nowym Sączu, sumą 12 grzywien wypłacaną corocznie od kapitału 500 flor., ciążącego na dobrach miejskich. Dotacyę tę zatwierdził 18. maja
- ↑ Był to więc niewątpliwie średniowieczny tryptyk, czyli ołtarz szafiasty, zamykany, jakie dziś po kościołach już do rzadkości należą.
W r. 1791 zniesiono kollegiatę, a kościół św. Małgorzaty stał się napowrót kościołem farnym.
