Od początku XVII w. zaczął się upadek. W r. 1609 przeniesienie stolicy przez Zygmunta Wazę do Warszawy. Wr. 1655 najazd Szwedów zniszczył Kraków prawie doszczętnie. Przyczynił się do tego późniejszy najazd Rakoczego i straszliwa zaraza panująca pod koniec w. XVII. W r. 1702 ponowny najazd Szwedów, później przez cały wiek trwające przemarsze wojsk saskich, szwedzkich i rosyjskich, jak również liczne zarazy i pożary spowodwały, że Kraków doszedł do ruiny i pod koniec XVIII w. liczył zaledwie 9 tys. mieszkańców.
W r. 1794 Kościuszko proklamuje na Rynku powstanie. Po klęsce Kościuszki Prusacy wkroczyli do miasta i wywieźli skarbiec koronny. Trzeci rozbiór Polski oddał Kraków Austrji.
Z początkiem XIX w. rząd i magistrat zburzył szereg zabytków i Kraków zatracił swój średniowieczny charakter.
W r. 1809 Józef Poniatowski wkroczył do Krakowa, który przyłączony został do Wielkiego Księstwa Warszawskiego. Po klęsce Napoleona kongres Wiedeński utworzył Rzeczpospolitą Krakowską z Krakowa i okolicy, która trwała do powstania w r. 1846. W tym okresie Kraków zaczął powoli odradzać się i podnosić z upadku. W r. 1817 urządził pogrzeb Poniatowskiemu, w r. 1818 Kościuszce i wzniósł mu największy na świecie kopiec na górze św. Bronisławy. W r. 1846 przeszedł pod panowanie austrjackie. W r. 1850 pożar (40 z rzędu) zniszczył przeszło połowę miasta. W r. 1860 Autonomja Galicji pozwoliła na rozwój narodowy i od tego czasu Kraków stał się centrum duchowem Polski. Uniwersytet się odradza, powstają szkoły. W r. 1890 pogrzeb Mickiewicza, w r. 1900 Jubileusz Uniwersytetu, w r. 1910 obchód Grunwaldzki. W czasie po 1905 r. Józef Piłsudski zaczął organizować tu zaczątki Legjonów. Prezydenci J. Dietl, M. Zyblikiewicz i J. Leo przyczynili się bardzo do rozwoju Krakowa. W r. 1914 utworzono Legjony i władzę nad pierwszą brygadą objął Piłsudski, wyruszając do walki z Rosją. W r. 1918 Kraków pierwszy dał hasło do zrzucenia jarzma niewoli.
