Prusy Wschodnie i Zachodnie należą pod względem kościelnym do dwóch dyecezyi katolickich, Chełmińskiej i Warmińskiej, i są podzielone na 4 okręgi konsystoryalne protestanckie: Gdański, Kwidzyński, Królewiecki i Gąbiński. Organizacya kościoła państwowego protestanckiego, do którego należy olbrzymia większość ewangelików, opiera się na podziale administracyjnym, i granice wymienionych okręgów konsystoryalnych zgadzają się zupełnie z granicami obwodów regencyjnych. Z okręgów tych Gdański liczył w r. 1900, według spisu urzędowego, 329,611, Kwidzyński 401,074, Królewiecki 930,833, a Gąbiński 767,732 dusz. Jak już wspomniano wyżej, w Prusach Wschodnich protestanci mieszkają zwartą masą i stanowią przeszło 90% ogółu mieszkańców, z wyjątkiem czterech powiatów warmińskich, które znowu posiadają ludność prawie czysto katolicką. Z powiatów protestanckich mniej niż 90% protestantów ma tylko powiat Nidborski. W Prusach Zachodnich protestanci stanowią wogóle mniejszość ludności. Najgęściej przez nich zaludnione są powiaty północno-wschodnie: Gdański nizinny, Suski, oba Elbląskie, Gdański miejski i Grudziądzki miejski — ponad 66%. Więcej niż 50% protestantów posiadają powiaty: Toruński miejski, Wałecki, Złotowski, Człuchowski, Grudziądzki wiejski i Kwidzyński. Powiatów z mniejszością protestancką jest, na ogólną liczbę 29-ciu, 16. Najmniej jest ich w powiatach Lubawskim (17%), oraz Chojnickim i Tucholskim (20%). Zarząd spraw kościelnych protestanckich spoczywa wyłącznie w rękach Niemców i językiem kościelnym jest niemiecki, z wyjątkiem tych gmin, w których protestanci Polacy i Litwini posiadają stanowczą przewagę. Tak więc odprawia się w kościołach protestanckich nabożeństwa polskie we wszystkich powiatach południowych prowincyi wschodnio-pruskiej. Według Tetznera (Die Slaven in Deutschland), granica północna obszaru, zamieszkanego
