Tymczasem dekret Dyoklecyana o prześladowaniu chrześcijan ogłoszono i poprzybijano na narożnikach ulic oraz na placach publicznych. Poganie niezwłocznie zaczęli wszędzie chrześcijan śledzić, i gdzie tylko którego odkryli, zaraz go brali na tortury, jeśli bogom nie chciał złożyć ofiary. Papież radził Dyonizemu, aby bratanka wywiózł z Rzymu i ukrył go w którejkolwiek posiadłości, dopóki prześladowanie nie przeminie. Podziękowali mu obaj za tę troskliwość, ale oświadczyli zarazem, że z rady tej nie skorzystają, albowiem postanowili Rzymu nie opuszczać. Dyonizy mając czułe i dobre serce, bolał bardzo nad temi prześladowaniami i skutkiem zmartwienia zachorował niebezpiecznie. Czując się blizkim śmierci, napominał bratanka, aby wiernie wytrwał w wierze Chrystusa Pana i polecił się opiece świętego Sebastyana.
Pankracy święcie dopełnił rozporządzeń i życzeń zmarłego stryja, rozdzielając obu majątek pomiędzy ubogich, a zwłaszcza tam, gdzie widział istotną potrzebę. Codziennie stawał się doskonalszym i gorliwszym w wierze i w pełnieniu dobrych uczynków, aż wreszcie święty Sebastyan nawet powstrzymywał jego szlachetne zapały. Sława cnót jego była zanadto głośną, aby miała długo pozostać w ukryciu, jako też doniesiono cesarzowi, że Pankracy jest chrześcijaninem. Dyoklecyan niezwłocznie zawezwał go przed siebie, a zanim Pankracy stanął przed cesarzem, udał się wpierw do Papieża, aby od niego otrzymać błogosławieństwo; przewidywał bowiem, co go czeka. Ojciec święty udzielił mu Komunii świętej i dał mu pocałunek błogosławieństwa na głowę.
Z wesołem obliczem stanął potem ten urodziwy 14-letni młodzieniec przed cesarzem. Tyran, spostrzegłszy pięknego młodzieńca, syna dawnego ulubieńca, z największą łagodnością doń się odezwał: Kochany mój przyjacielu, doszło do uszu moich, że cię chrześcijanie obałamucili, lecz wiek twój młodzieńczy cię uniewinnia; mam nadzieję, ze wrócisz do wiary twych przodków i bogom złożysz ofiary; pamiętaj na twą młodość, a ja cię otoczę moją łaską; podaj mi więc rękę i przyrzecz, że pójdziesz za moją radą, a nie zniewalaj mnie, abym cię sądzić kazał wedle całej surowości istniejących ustaw. Pankracy odpowiedział śmiało: Mylisz się, cesarzu, jeżeli sądzisz, że chrześcijanie mnie obałamucili; miłosierdzie jedynego Boga prawdziwego dozwoliło mi poznać drogę wiodącą do zbawienia duszy; mam wprawdzie lat 14 dopiero, ale wiedz o tem, że Jezus Chrystus rozdziela łaski nie podług liczby lat, tylko stosownie do Swej dobroci i mądrości, a daje nam odwagę do zniesienia wszelkich groźb i prześladowań; żądasz, ażebym bogom ofiary złożył, którym ty cześć oddajesz. Szczęście twoje, cesarzu, że ty lepszym jesteś od nich, albowiem bogowie twoi nic nie warci. Dyoklecyan oburzony, że taki 14-letni chłystek miał mu o tyle odważnie czoło stawić, kazał go natychmiast zaprowadzić na drogę Aureliańską i tam ściąć mu głowę.
Wielką radością zajaśniało oblicze Pankracego, gdy usłyszał taki wyrok śmierci i pośpieszył z swymi katami na miejsce spełnienia wyroku, a tak był ożywiony, jak gdyby miał iść na jaką zabawę. Stanąwszy na miejscu, ukląkł, wzniósł oczy ku Niebu, modląc się głośno: „Dzięki Ci, Jezu Chryste, za łaskę, iż wkrótce stanę przed tronem Twoim jako sługa Twój.“ Następnie podał szyję pod miecz katowski i tak życie zakończył. Było to w roku 304. Nabożna wdowa Oktawilla pochowała zwłoki jego w katakombie, którą potem nazwano katakombą świętego Pankracego.
Święty Grzegorz z Tours nazywa świętego Pankracego „mścicielem krzywoprzysięzców“ i podaje, że jest zwyczajem w Rzymie wieść tych do grobu świętego Pankracego, którzy przysięgę składali. Kto krzywoprzysiągł, ten albo nagłą śmiercią ginie, albo gnębiony przez złego ducha, wiedzie żywot pełen umartwień i zgryzot bezustannych. W Rzymie i we Włoszech, we Francyi, w Hiszpanii, Anglii i Niemczech pobudowano kościoły pod wezwaniem i na cześć świętego Pankracego.
Z sześćdziesięciu podziemnych grobowców, tak zwanych katakomb, wkoło otaczających Rzym, jednę nazwano imieniem świętego Pankracego.
