zajście to dało już rządowi podstawę do bezwzględnego zastosowania surowych środków odwetu. Daremne były zabiegi napoleońskiego marszałka, Davousta; sam król saski, a książę warszawski, Fryderyk August nie zdołał, mimo życzliwości dla zakonu, uzyskać pomyślnych wyników wobec uporu centralnego rządu napoleońskiego. Opieczętowano klasztor i 36 członków zgromadzenia wysłano na wygnanie. Zajechały wozy, po pięciu zakonników wsadzono na każdy i pod osłoną straży odwieziono do granicy państwa, do Kistrzyna, fortecy przy ujściu Warty do Odry. Pobyt w Kistrzynie nie trwał długo; zakonnicy ujęli sobie serca miejscowej ludności, a pastorowie miejscowi, obawiając się powrotu własnej owczarni na łono Kościoła świętego, postarali się o usunięcie członków zakonu.
Święty Klemens udał się do Wiednia, mając już lat 57 i tu uzyskał wreszcie posadę kapelana przy kościele włoskim. Mieszkał tam lat cztery, poczem za zgodą miejscowego Arcybiskupa, hr. Hohenwartha, objął stanowisko spowiednika, oraz rządcy kościoła Sióstr Urszulanek. Tu mieszkał do śmierci i pracował, jak zwykle, z zapałem. Słuchając spowiedzi, głosząc Słowo Boże, kierując sumieniami książąt i biedaków, ogarnął przedewszystkiem sercem dorastającą młodzież i gromadził ją około siebie. Krzepił też ducha rozproszonych braci zakonnych, utwierdzał powstające za granicą domy klasztorne, był pomocny nuncyaturze apostolskiej przy dworze wiedeńskim. Nie doczekał się już zatwierdzenia swego zakonu przez rząd austryacki, ale zostawił wszystko na najlepszej drodze. Chorował od dawna na reumatyczne bóle i cierpienia gardła, wiek sam zresztą podeszły dokuczał mu coraz bardziej. Otoczony gronem przyjaciół i uczniów gasł w oczach. Powtarzał rzewnie w cierpieniu: „Co Bóg chce, jak Bóg chce i kiedy chce — to niech się stanie.“ Zmarł spokojnie 15 marca 1820 roku. Ostatnie słowa jego były: „Odmówcie Anioł Pański“ — poczem odwrócił się i skonał.
W wielkim orszaku uczniów i profesorów, księży, książąt i hrabiów, wraz z ludem wszelkiego stanu, złożono śmiertelne szczątki w katedralnym kościele św. Szczepana, poczem przeniesiono je do prywatnego grobowca w Entzendorf, pod Wiedniem. Nie leżał tam jednak długo. Już za życia jaśniał blaskiem świętości. Blask tej świętości wzrastał, z dniem każdym po śmierci mnożyła się liczba cudów. Wszystkie stany, z cesarzami Ferdynandem i Franciszkiem-Józefem na czele, słały prośby do Rzymu, aby Klemensa uznać za Świętego. Prosili arcyksiążęta, Kardynałowie, Biskupi i generałowie zakonów, prosili książęta i magnaci świeccy. Prosiła Polska z Biskupem Poznania na czele; księstwo Czartoryscy, hrabstwo Platerowie, Mycielscy, Żółtowscy i inni zwracali się do Rzymu, prosząc, „żeby był przedstawiony wiernym w Polsce, tak wiele mu zawdzięczającym, jako wzór cnót chrześcijańskich.“
Cuda, przysięgą stwierdzone, skłoniły Stolicę Apostolską do wstępnych kroków beatyfikacyi. W dniu 29 stycznia 1888 roku ogłoszono uroczyste jej orzeczenie. A po dwudziestu latach od tej chwili, odbyła się uroczysta kanonizacya. Z Polską łączyły Świętego zawsze gorące wspomnienia. Będąc w Wiedniu mawiał nieraz: „Dajcie mi proste pieśni polskie, one są daleko piękniejsze od tutejszych śpiewów.“ Tęsknił za Polską, żył w ciągłej z nami stycznośći, a nawet za granicą „wolał pracować dla Polaków i słuchać ich spowiedzi“, a ostatnią Mszę świętą za duszę Polki, ks. Tekli Jabłonowskiej odprawił. Relikwie św. Klemensa znalazły pomieszczenie we wspaniałym kościele ks. ks. Redemptorystów wiedeńskich Maria Stiegen. U nas chociaż uległy zniszczeniu drewniane domki klasztorne w Warszawie, gdzie mieszkał, a sam kościół przy ulicy Pieszej zamieniony został dziś na dom mieszkalny, duch wszakże jego żywy jest wśród nas.
Kościół obchodzi uroczystość jego w dniu 15 marca.
