W powrocie z pielgrzymki, gdy przebywał Bawaryę, uprosił go książę bawarski Odilo, aby w tym kraju uporządkował sprawy kościelne. Z wielką mądrością dokonał też Bonifacy tego dzieła, urządził cztery Biskupstwa: w Salzburgu, Freisingu, Ratysbonie i Pasawie i zwołał Synod, aby uchwałami na nim powziętemi zapobiedz zabobonom i usunąć wpływy kacerzy Wojciecha i Klemensa, którzy siali niezgodę pomiędzy wiernymi. Potem ustanowił dyecezye we Frankonii: w Wyreburgu, Fritzlarze i Eichstedt, później udał się na misyę do Saksonii i założył klasztor w Fuldzie, który przez kilka set lat był największą i najsławniejszą twierdzą Kościoła niemieckiego. Na życzenie Papieża Zacharyasza, który Moguncyę w roku 751 wyniósł do godności Stolicy Arcybiskupiej, osiadł Bonifacy na tejże Stolicy i mimo podeszłego wieku energicznie wykonywał duszpasterstwo. Powtórnie zwiedzał gminy chrześcijańskie we Frankonii, Hesyi i Bawaryi, zwołał kilka Synodów, na których uchwalono najpotrzebniejsze ustawy tyczące się karności kościelnej, obyczajów ludu wiernego i stosunków jego z pozostałymi jeszcze poganami.
Zaprowadził również regularne zebrania i narady duchownych i Biskupów; prócz tych wszystkich prac i urządzeń korzystał z każdej chwili wolnej i pisał dzieła kościelne; z tychże mało jednak przechowało się do naszych czasów.
Tymczasem umarł Biskup fryzyjski św. Willibrord, a chrześcijaństwo pomiędzy Fryzyjczykami groziło upadkiem. Wtedy postanowił sędziwy już Bonifacy podjąć pielgrzymkę, aby ostatnie dni życia poświęcić zbawieniu tego ludu. Za pozwoleniem Papieża mianował Lullusa następcą swym w Moguncyi i wybierając się w drogę zabrał z sobą całun, jakby w przeczuciu blizkiego zgonu. Przed opuszczeniem Moguncyi rozporządził, aby ciało jego, jeśli go śmierć spotka, pochowane było w Fuldzie, nie jako Biskupa, lecz jako zwykłego zakonnika.
Co przewidywał, to się też ziściło. W dzień Zielonych Świątek — 5 czerwca roku 755 — w mieście Dokum, zabierał się do udzielania pod gołem Niebem licznie zgromadzonym wiernym Sakramentu Bierzmowania, gdy wtem wpadła horda chciwych łupieży pogan i zabiła bierzmującego Biskupa razem z pięćdziesięciu dwoma chrześcijaninami.
Miasto Fulda jest tak szczęśliwem, że posiada grobowiec z ciałem świętego Bonifacego, wielkiego Apostoła Niemiec i zarazem drogocenną księgę Ewangelii świętej zbroczoną jego krwią i przebitą w jednym końcu mieczem mordercy.
Wielkiego tego Świętego lepiej uczcić nie zdołamy, niż tem, że żyć będziemy zawsze pełni wiary w te same nauki i zasady, jakie święty Bonifacy wyznawał.
Ludwik I, król bawarski uczcił pamięć tego Świętego postawieniem w Monachium kościoła i klasztoru. Kościół, ozdobiony w drogocenne malowidła przedstawiające życie i czyny świętego Bonifacego, jest jednym z piękniejszych w kraju niemieckim. Klasztor obsadził król Benedyktynami i w nich odżywia się duch Świętego, wydając błogie owoce w umoralnieniu ludności.
W ostatnich czasach dziejów Kościoła, tj. w roku 1849 założono na cześć Świętego wielkie Stowarzyszenie pod opieką świętego Bonifacego, mające na celu wspieranie wszelkich dążeń Kościoła katolickiego wobec protestantów. Stowarzyszenie to rozciąga się obecnie na 30 Biskupstw, z których corocznie liczne płyną dary w pieniądzach na popieranie zadań tego pobożnego Stowarzyszenia.
Utworzyło ono też do roku 1864 sto dwadzieścia szkół i wspiera funduszami dużo kościołów i szkół, nie mających wielkich funduszów, a dochody Bractwa św. Bonifacego wynosiły do onego czasu rocznie przeszło 180 tysięcy marek. Wartość zaś prac i dobrodziejstw przez to Bractwo wyświadczonych o wiele wyżej cenić można.
Boże, któryś świętego Bonifacego, Biskupa i Męczennika, Apostołem ludów niemieckich postanowił, racz litościwie one ludy przez niego nawrócone za jego pośrednictwem i zasługami w jedności wiary zachować, a oderwanych od Kościoła, na jego
