czyby nie lepiej uczynił, gdyby zamiast uganiania się z głupcami za marną sławą i rozrywkami światowemi, dążył do niebieskich i trwalszych rozkoszy, naśladując tych wybrańców Boga! Myśl ta, tchnięta weń przez Ducha świętego, przeważyła szalę wątpliwości, uklęknął więc przed obrazem Matki Najświętszej i przysięgą zobowiązał się do służby Bożej. Zaledwie jednakże złożył przysięgę, wtedy — mówi podanie — wstrząsł się zamek Loyola w swych posadach, tak dalece oburzyło szatana to postanowienie.
Udał się następnie Ignacy do klasztoru Benedyktynów w Montrewal, gdzie wśród łez pokutnych wyspowiadał się z grzechów całego życia i poznał z gruntu wszystko, czego potrzeba kapłanowi dążącemu do doskonałości duchownej. Między innemi przez całą noc odbywał straż honorową przed cudownym obrazem Najświętszej Dziewicy, ślubując wiekuistą czystość. Zawiesiwszy potem miecz obok ołtarza na dowód, że wszystko składa Bogu w ofierze, darował swój kosztowny mundur żebrakowi i w szatach pielgrzymich udał się do miasteczka Manrezy, aby się tam oddać pokucie. Poszcząc o chlebie i wodzie, spał na twardej ziemi, modlił się całemi godzinami na klęczkach i pielęgnował chorych z takiem poświęceniem i cierpliwością, że był przedmiotem ogólnego podziwu i uwielbienia. Niezadługo też rozeszła się wieść, że pokutnik jest szlachcicem znamienitego rodu. To go spowodowało do ukrycia się w blizkości Manrezy w ponurej jak grób jaskini, gdzie napisał słynące na cały świat „Ćwiczenia Duchowne.“ Przeistoczony w „Apostoła Pańskiego“, puścił się do Jerozolimy, aby głosić mahometanom Ewangelię świętą i ponieść dla Chrystusa śmierć męczeńską. Opatrzność Boża i przeciwne inne okoliczności zmusiły go jednakże do powrotu i do nawracania zbłąkanych między chrześcijaninami owieczek na drogę cnoty i wiary. Chcąc cel ten osięgnąć, uważał za niezbędnie potrzebne gruntowne wykształcenie i święcenia kapłańskie. Lubo już liczył trzydzieści i trzy lat życia, zasiadł z małymi chłopcami w Barcellonie na ławie szkolnej, a chwil wolnych od zajęć użył na uczenie dzieci katechizmu i odbywanie z dorosłymi ćwiczeń duchownych. Chleb potrzebny do wyżywienia otrzymywał żebraniną, znosząc cierpliwie szyderstwa, pośmiewiska i urąganie, a wkońcu nawet oskarżony został o kacerstwo. Sąd śledczy trzymał go przez sześć tygodni w więzieniu, a lubo nic nie mógł zarzucić życiu, ani nauce jego, puścił go na wolność z zakazem odbywania wykładów religijnych.
Ignacy poszedł tedy na uniwersytet do Salamanki, przesiedział znowu trzy tygodnie za karę żarliwości w nawracaniu i wreszcie wypuszczony został na wolność z świadectwem, że wytoczona mu skarga okazała się niesłuszną i że jest mężem nieskażonej cnoty. — Ponieważ w kraju doznawał przeszkód w zachodach o dobro dusz, wybrał się do Paryża, aby dokończyć nauk. Tu zgromadziło się około niego wielu żądnych zbawienia akademików, których był żywym przykładem pobożności.