Już od dawna nosił się z myślą założenia towarzystwa, mężów, których naczelnikiem miał być Chrystus, sztandarem krzyż, hasłem chwała Boża, a celem ratunek dusz i obrona Kościoła świętego. W dniu Wniebowzięcia Najśw. Maryi Panny, roku 1534, przyjął tedy w kościele świętego Dyonizego na Montmartre Komunię świętą wraz ze sześciu przyjaciołmi, których nazwiska były: Lefebre, Franciszek Ksawery, Lainer, Salmeron, Bobadilla i Rodriguoz. Mężowie ci złożyli śluby ubóstwa i czystości i zobowiązali się pójść po ukończeniu studyów teologicznych jako misyonarze do Palestyny. Gdyby się to w przeciągu roku uczynić nie dało, mieli się oddać do dyspozycyi Papieża i pójść, gdzie im każe. Takie były pierwsze zawiązki zakonu Jezuitów.
Z powodu choroby musiał Ignacy wrócić do Hiszpanii i umówił się z towarzyszami, że w styczniu roku 1537 zjedzie się z nimi w Wenecyi. Hiszpanie przyjęli go z uwielbieniem i głębokim szacunkiem; ale Ignacy nie zamieszkał w zamku swoich przodków, lecz w szpitalu.
Dnia 8 stycznia zjechało się więc siedmiu przyjaciół w Wenecyi, ale wybuchła wojna między Turcyą a Wenecyą uczyniła ich podróż do Ziemi świętej niepodobną. Stąd poszło, że Ignacy z Lefebrem i Lainerem udali się do Rzymu, a inni członkowie zakonu odbywali misye w górnych Włoszech. Papież przyjął ich uprzejmie, Ignacego użył do misyi ludowej, towarzyszów zaś jego zamianował profesorami przy uniwersytecie.
W następnym roku dokonał Ignacy dzieła założenia zakonu, a zwoławszy członków, których liczba wynosiła dziesięciu, przedłożył im statuta zakonne i uzyskał ich jednogłośne przyjęcie. Nie tak skwapliwą do potwierdzenia tychże statutów okazała się komisya złożona z kilku Kardynałów, którzy ani słuchać nie chcieli o zaprowadzeniu nowego zakonu. Zbadawszy jednak sprawę gruntownie, widział w niej Papież Paweł III oczywisty palec Boży, odgadywał w nowopowstałym zakonie instytucyę, która Kościołowi świętemu w walce z reformacyą niezmierne oddać może przysługi i zatwierdził zakon Jezuicki we wrześniu 1540 roku. Jeszcze za życia założyciela liczono przeszło 1000 członków, którzy w Europie, w Azyi, w Ameryce byli czynnymi po szkołach i kościołach. Ignacy, którego mimo oporu obrano generałem, był duszą wszystkiego i okazywał niesłychaną zdatność, oględność i dzielność w życiu praktycznem. Wszyscy prefekci, rektorowie i kapłani udawali się do niego i zasięgali rady jego. Z Rzymu, który był jego rezydencyą, roztaczał swą opiekę, o wszystko się troszczył i umiał zjednoczyć i skierować wszelkie prace do jednego celu. Mnogie listy, które synowie jego na klęczkach mu czytywali, rozsyłał na wsze strony świata; pracował w domu i w kościele, miewał kazania, przytem zakładał w Rzymie domy przytułku dla podupadłych dziewcząt i pokutujących niewiast, domy sierot, oberżę dla Turków i żydów, chcących się przygotować do chrztu, i ufundował klasztor dla panien zagrożonych niebezpieczeństwem utraty moralności. Słowem, był nieznużonym w pracach mających na celu chwałę Bożą. Zaklinał się często, że gdyby mógł tysiąc razy co dzień umierać, chętnieby tylokrotnie śmierć poniósł, aby choć jednę jedyną duszę nawrócić. Ocalanie dusz było jedyną jego namiętnością, umiał też trafiać do serc i przekonania ludzi, aby ich pozyskiwać dla Nieba.
Piętnaście lat jako generał zakonu ćwiczył gruntownie swych bojowników w służbie Pańskiej. Potem zaczęły go szybko opuszczać siły, co było oznaką blizkiego zgonu. Ze łzami radości witał zbliżającą się śmierć i dnia 31 lipca 1556 roku oddał Bogu ducha z Imieniem Jezusa na ustach. Papież Paweł V wyniósł go do godności Błogosławionych, a Grzegorz XV policzył go w poczet Świętych.
„Ćwiczenia Duchowne.“ W dziele tem uczy św. Ignacy, jak każdy rekrut w życiu duchownem ma się stopniowo wspiąć na najwyższy szczebel doskonałości duchownej. Treść i osnowę tych ćwiczeń można krótko ująć w następujących bardzo trafnych słowach:
1) Pan Bóg stworzył nas ludzi na to, abyśmy Mu służyli według woli Jego.