skość i uprzejmość, cesarz odznaczał go oddaniem mu najwyższych godności i dochodowych urzędów. Cesarzowa Izabela połączyła go ze swą ulubienicą Eleonorą de Castro, dziewicą słynącą nie tylko z wdzięków i piękności, ale i z niezwykłej zacności duszy. Wszystko mu się uśmiechało: mimo to znał znikomość szczęścia i przywdziawszy ostrą włosiennicę, starał się przez częste słuchanie Mszy świętej, przystępowanie do Spowiedzi i Komunii, jako też nieustanną pracę zabezpieczyć się przeciw jego zmianom. W rzadkich godzinach wypoczynku zajmował się śpiewem i muzyką, tedy owedy myśliwstwem, nigdą grą w karty i kostki, „gdyż“ mawiał, „tracimy przez to trzy kosztowne rzeczy, tj. czas, pieniądze i sumienie.“
W roku 1539 zebrał się sejm w mieście Toledo, gdzie trwały nieustanne uroczystości, bale, gry rycerskie. Wtem nagła śmierć przerywa huczne zabawy; zmarła bowiem niespodzianie młoda cesarzowa Izabela. Uchodziła ona za najpiękniejszą z niewiast swego czasu, liczyła wtenczas lat 36, a wszyscy ją wielbili z powodu jej dobroci i popularności.
Franciszek towarzyszył z urzędu jej zwłokom do grobu w Grenadzie. Przed spuszczeniem ciała do podziemia otworzono jeszcze trumnę, aby się przekonać o jego prawdziwości. Lecz cudowna piękność oblicza znikła już, a rozkład ciała szerzył woń cuchnącą. Przejęty dreszczem i smutkiem zawołał Franciszek: „Tyżeśto, Izabelo? Czyż to głowa mej cesarzowej i władczyni? O Boże, ślubuję Ci nie służyć odtąd panu, któregoby mi śmierć wydrzeć zdołała.“ W tej też chwili postanowił wstąpić do zakonu, skoroby miał przeżyć małżonkę, a nieraz wspominał później, że śmierć cesarzowej powołała go do życia.
Pośpieszył niebawem do Toledo, aby poprosić o zwolnienie go z urzędu. Cesarz jednak nie chciał się pozbyć usług jednego ze swych najwierniejszych poddanych i zamianował go wicekrólem Katalonii. Franciszek usłuchał rozkazu, rządził mądrze i sprawiedliwie i był dla wszystkich wzorem zacności. Co dzień odmawiał Różaniec, spowiadał się, komunikował co Niedzielę i święto, biczował się, a sypiał tylko cztery do pięciu godzin na dobę.
Po śmierci ojca roku 1543 zrzekł się Franciszek godności wicekróla, wyjechał wśród płaczu powszechnego z Katalonii i objął zarząd dziedzicznego księstwa Gandyi. Tu starał się usilnie o podniesienie dobrobytu poddanych jako też o ich moralną i naukową oświatę. Swym przykładem tyle dokazał, że nikt w Gandyi nie zaniechał przynajmniej raz na miesiąc przystąpić do Stołu Pańskiego.
W roku 1548 wydarła mu śmierć drogą małżonkę, liczącą dopiero 35 lat wieku. Nie namyślając się więc ani chwili, wstąpił potajemnie do Zakonu Jezuitów, którym w Gandyi założył kolegium wraz z akademią; mimo to musiał do odrośnienia dzieci jeszcze zarządzać majątkiem. W jesieni roku 1550 pojechał do Rzymu i został przez świętego Ignacego przyjęty do Zakonu. Ponieważ Papież Juliusz III chciał mu ofiarować kape-