lusz kardynalski, uciekł pokryjomu z Rzymu, oddał księstwo najstarszemu synowi, wyświęcił się na kapłana i odprawił prymicye w zamku Lojola, na które się zbiegły niezliczone tłumy ludu. — W małej celce kolegium w Ognate przebył Franciszek następne lata na modlitwie, pokucie i rozpamiętywaniach, pełniąc najniższe posługi. Prócz tego działał w okolicy jako misyonarz, a krocie ludzi zbierały się zewsząd, aby usłyszeć Słowo Boże z ust świętobliwego księcia i zaczerpnąć u niego pociechy. Z rozkazu świętego Ignacego był przez lat dwa nadwornym kaznodzieją i spowiednikiem przy dworze portugalskim i cieszył się zaufaniem najwyższych dostojników i magnatów. Potem wrócił do Hiszpanii, aby objąć kłopotliwy urząd generalnego komisarza prowincyi zakonnej półwyspu pyrenejskiego i Indyi. Pięć razy ofiarował mu Papież godność kardynalską, za każdym razem jednak odpowiedział: Nie dlatego zrzuciłem gronostaje książęce, aby przywdziać Arcykapłańską purpurę.“ Zaszczyty zasmucały go, prześladowania i strapienia znosił mężnie i z ochotą.
W roku 1565 wybrano go na generała Zakonu. Przyjął godność ofiarowaną, mówiąc: „Prosiłem Boga o krzyż, ale przyznaję się, że o takim, jak ten, nie myślałem.“ Z dziwną zręcznością, wprawą i mądrością zawiadował sprawami zakonu, który liczył już 130 domów, 3,500 członków i wymagał częstych i utrudzających podróży. W Rzymie powiększył „kolegium niemieckie“, gdzie się po dziś dzień kształcą dzielni kapłani i znakomici nauczyciele, nadto pozakładał w Ameryce i w Niemczech sporo misyi, które katolickiemu Kościołowi hojne przynosiły żniwo. Sam miewał kazania w Rzymie, uczył dzieci, zwiedzał szpitale i czynił nadzwyczajne posługi w czasie zarazy 1566 roku.
Z polecenia Papieża Piusa V towarzyszył chory Franciszek Kardynałowi Alessandryniemu do dworów hiszpańskiego i francuskiego, aby państwa te spowodować do wyprawy przeciw Turkom. W Hiszpanii witano go wszędzie, gdzie nie mógł zataić swego przybycia, z najwyższą radością i uniesieniem, a lud całował rąbek jego szaty i prosił go o błogosławieństwo. W powrocie z Francyi zapadł bardzo na zdrowiu i prawie konający przybył do Rzymu. Po dwóch dniach zasnął snem wiecznym dnia 1 października roku Pańskiego 1572 w 62-gim roku życia.
Zwłoki tego wielkiego Świętego sprowadził wnuk jego, Kardynał i pierwszy minister króla Filipa III w roku 1618 do Madrytu i pochował je w kościele Jezuickim. W roku 1624 umieścił go Papież Urban III między Błogosławionych, a Klemens X policzył go roku Pańskiego 1671 w poczet Świętych.
1) W dodatku wspomnieć jeszcze należy kilka wydarzeń z życia św. Franciszka Borgiasza, świadczących o jego głębokiej pobożności. Będąc bowiem jeszcze księciem Gandyi, ilekroć słyszał dzwonek towarzyszący kapłanowi do umierającego, zrywał się wraz z dziećmi, czy to w nocy, czy we dnie i odprowadził księdza idącego z Ciałem Pańskiem aż na oznaczone miejsce. Pewnego razu był wraz z synami na polowaniu w lesie odległym o dwie mile od Gandyi. Naraz stanął i wytężywszy słuch, rzecze: „Ksiądz idzie do chorego, dochodzi mnie głos dzwonka.“ Spiąwszy następnie konia ostrogami, cwałem popędził do miasta, i przybył z młodymi książętami w sam czas, aby Ciału Pańskiemu towarzyszyć do domu, w którym konający sposobił się na drogę wieczności. Papieże Paweł V, Innocenty XI i Innocenty XII nadali tym, którzy towarzyszą kapłanowi idącemu do chorego i przytem odmawiają pewne modlitwy, rozmaite odpusty.
2) Gdy mu umierała żona Eleonora, klęcząc u stóp Ukrzyżowanego, błagał Boga o jej zdrowie i życie. Wtem usłyszał głos: „Jeśli koniecznie żądasz, aby małżonka twoja dłużej żyła, niech się stanie wola twoja; ale wiedz, że to nie wyjdzie na jej dobro.“ „Panie — rzecze z płaczem przelękły Franciszek — jakżebym miał żądać, abyś spełnił wolę moją? Niech się zawsze i wszędzie dzieje wola Twoja! U nóg Twych składam moje, mej żony i mych dzieci życie i wszystko, co tylko posiadam; rozporządzaj tem według upodobania.“ Godzi się tu zapytać, ilu mamy takich chrześcijan, coby wyrównali św. Franciszkowi w pokorze i zdaniu się na wolę Najwyższego?
