Do Arcybiskupstwa jego należało 15 Biskupów, 3200 duchownych i 150 klasztorów. Archidyecezya Medyolańska nie była od lat 80 obsadzoną, lecz tylko zawiadywaną. Nie dziw przeto, że wkradł się nieład i wiele nadużyć. Nabożeństwo pozbawione było okazałości, kościoły zaniedbane, kapłanom brakło gorliwości, zakonnicy nie dbali o regułę, prawa Boskie i kościelne nie miały szacunku, do Sakramentów nie uczęszczano, lud podupadł moralnie, szlachta żyła rozpustnie. Wskutek odszczepieństwa Lutra, Kalwina, Zwinglina i religijnych wojen rozluźniły się obyczaje, powstały rozterki i niezgody.
Ubolewał Karol na to zdziczenie; nie mogąc zagrzać jakoś miejsca w Rzymie, pośpieszył do Medyolanu, zebrał podwładnych sobie Biskupów i dał im wskazówki dotyczące wprowadzenia w życie uchwał Soboru, zachęcenia księży do większej gorliwości, nadania większej uroczystości nabożeństwu i ulepszenia nauki katechizmu. Wkrótce potem zaprowadził reformę we własnym domu, zrzekł się wszelkich beneficyów otrzymanych od Papieża, obszerne dobra familijne oddał za małem wynagrodzeniem w ręce krewnych, zmniejszył liczbę sług i oficyalistów, ale zwiększył im za to zasługi i pensye, zaprowadził ścisły ład i porządek, czuwał nad ich moralnością, jadał z nimi przy jednym stole i modlił się społem z nimi w pałacowej kaplicy. Dopiero później, gdy zaczął pościć o chlebie, wodzie i warzywnych potrawach, siadał sam do stołu.
Własnym nakładem (na co wydał 60 tysięcy dukatów), założył w Medyolanie wielkie seminaryum dla kandydatów stanu duchownego, ufundował kilka seminaryów dla chłopców, zaprowadził większą okazałość w nabożeństwie, zakazał duchownym przyjmować po kilka probostw, zabronił chodzić do teatru i na tańce, przepisał odpowiedni stanowi duchownemu ubiór i poznosił nadużycia, jakie się wkradły do klasztoru i zgromadzeń zakonnych.
Reformy te wywołały straszliwe oburzenie. Zewsząd odezwały się szemrania i protestacye, powoływania się na prastare zwyczaje i przywileje, skargi na ucisk i tyranię, a nawet znaleźli się tacy, co nie wahali się godzić na jego życie.
Pewnego razu otrzymał list, w którym go zaklinano, aby się miał na baczności, gdyż knuje się spisek na jego życie. Pismo wrzucił w ogień, mówiąc: „Niech mnie Bóg uchowa, abym miał ostygnąć w miłości do którejkolwiek z mych owieczek.“ Zawsze
