nieznajomy (może Anioł Stróż), podał mu długą żerdź i wyciągnął go na brzeg.
W szkole należał Jan do uczniów najpilniejszych, najlepszych i najskromniejszych, i był prawdziwą ozdobą zakładu. Biednej matce nie starczyło funduszów na dalsze wykształcenie, miał się przeto wyuczyć rzemiosła, ale okazał się niezdatnym. Przyjął go tedy administrator jednego szpitala, a widząc jego wierność, staranność około chorych, pokorę i szczerą pobożność, tak go pokochał, że pozwolił mu chodzić do szkół Ojców Jezuitów, pragnął go bowiem wykształcić na kapelana szpitalnego.
Lubo Jan mało miał czasu do zajmowania się nauką w domu, czynił jednak znaczne postępy i pragnął poświęcić się stanowi duchownemu, z pokory wszakże nie śmiał przyjąć święceń. I tak w r. 1563 wstąpił do Karmelitów, gdzie zwierzchność klasztorna zamiast go zachęcać do dostąpienia ewangelicznej doskonałości, musiała hamować jego zbytnią względem siebie surowość.
W czasie tym zajmowała się św. Teresa reformą zakonu Karmelitańskiego i przywróceniem dawnej surowości reguły. Za pozwoleniem zwierzchności klasztornej zaprowadziła już nawet tę reformę w kilku klasztorach żeńskich i myślała o zreformowaniu męskich. Bystre jej oko dostrzegło w młodym Janie męża, który silnie mógł poprzeć jej zamiary i dlatego zaszczyciła go swem zaufaniem. Otrzymawszy od przełożonych pozwolenie, osiadł Jan w nędznej jakiejś chacie chłopskiej, którą darowano św. Teresie na założenie w niej pierwszego klasztoru męskiego z pierwotną ścisłą regułą. Pokrewny mu duchem kapłan Antoni a Jesu i jeden braciszek zamieszkali tam. Odbywszy nowicyat, dali dwaj młodzi Karmelici początek zakonowi Karmelitów Bosych, zatwierdzonemu przez Papieży Piusa V i Grzegorza XIII. Jan otrzymał nazwę „Jan od Krzyża.“ Wkrótce musiano założyć dwa nowe klasztory. Jan pełnił obowiązki mistrza nowicyuszów i spowiednika zakonnic w Awilli, gdzie święta Teresa była przełożoną. Z jak największą pilnością pracował nad utwierdzeniem ducha religijnego w młodych zakładach i starał się nie tylko kazaniami, ale i własnym przykładem zachęcać nawet świeckich do prawdziwej pobożności. Często wpadał w zachwycenia, jako też miewał widzenia rzeczy niebieskich. Niezadługo wystawił go Pan Bóg na ciężką próbę, dając mu sposobność udowodnienia, że rzeczywiście zasługuje na nazwę „Jan od Krzyża.“ Na kapitule w Placencyi oskarżono Jana o nieprawne zaprowadzenie nowości w regule klasztornej i wzniecanie nieporozumień w zakonie. Przyszło nawet do tego, że świętobliwego mnicha przyaresztowano w Awilli, osadzono w Toledzie w komórce na poddaszu i co piątek tak mocno rózgami sieczono, że po wielu latach jeszcze widać było na ciele jego znaki tych biczowań. Po dziesięciu miesiącach udało mu się ratować się ucieczką. Wskutek wstawienia się króla Filipa II, pozwolił Grzegorz XIII Karmelitom Bosym utworzyć osobną prowincyę z własnymi
