Zajmiemy się tutaj dwoma pierwszemi zarzutami; niektóre inne zarzuty rozpatrzymy w następnym rozdziale, a hybrydyzm i instynkt w dwóch dalszych rozdziałach.
Ponieważ dobór naturalny działa jedynie przez zachowywanie korzystnych przekształceń, to w miejscowości zupełnie zaludnionej każda nowa forma dążyć będzie do zastąpienia i ostatecznie do wytępienia własnej swej mniej udoskonalonej formy rodzicielskiej, oraz innych form, gorzej przystosowanych, z któremi wstępuje w współzawodnictwo. W ten sposób dobór naturalny idzie ręka w rękę z wymieraniem. Jeżeli więc uważamy każdy gatunek jako potomka jakiej nieznanej formy, to sam proces tworzenia się i udoskonalenia się nowej formy wytępi zazwyczaj i rodzica i wszystkie przejściowe odmiany.
Jednakże, ponieważ według tej teoryi musiały istnieć niezliczone formy przejściowe, to dlaczegóż nie znajdujemy ich przechowanych w niezmiernej ilości w skorupie ziemi. Kwestyę te właściwiej będzie roztrząsać w rozdziale o niedokładności geologicznych pamiątek; tutaj zauważę tylko, że odpowiedzi należy, jak sądzę, szukać w tem, iż zabytki owe są bez porównania mniej dokładne, aniżeli się zwykle przypuszcza. Skorupa ziemi jest to obszerne muzeum; ale kolekcye tego muzeum były zbierane niedokładnie i w wielkich odstępach czasu.
Możnaby wszakże zarzucić, że tam, gdzie rozmaite blisko pokrewne gatunki zajmują jedną miejscowość, powinniśmy z pewnością znaleźć obecnie wiele form przejściowych. Weźmy tutaj prosty przykład. Podróżując po stałym lądzie z północy ku południu, napotykamy zwykle jeden po drugim blisko pokrewne czyli reprezentacyjne (zastępcze) gatunki, zajmujące oczywiście to samo poniekąd miejsce w naturalnej gospodarce kraju. Reprezentacyjne te gatunki stykają się ze sobą i zachodzą wzajemnie w swoje granice; a w miarę jak jeden staje się rzadszy, drugi występuje coraz częściej, póki zupełnie jeden nie zastąpi drugiego. Skoro teraz porównamy te gatunki tam, gdzie one są pomieszane, to znajdziemy, że różnią się one od siebie absolutnie we wszystkich szczegółach budowy tak samo jak i okazy wzięte ze środka okręgu rozprzestrzenienia każdego z tych gatunków. Otóż, według mej teoryi, pokrewne te gatunki pochodzą od wspólnego rodzica; a w ciągu procesu przekształcenia każdy gatunek przystosował się, do warunków życia swego własnego okręgu, wyparł i wytępił swoją pierwotną rodzicielską formę, oraz wszystkie przejściowe odmiany pomiędzy jego dawniejszym a obecnym stanem. Dlatego też nie powinniśmy spodziewać się, że dziś w każdym okręgu napotkamy wiele form przejściowych, chociaż musiały one tam istnieć i mogą znajdować się w stanie kopalnym w pokładach ziemi. Dlaczegóż jednak w okręgach przejściowych, mających przejściowe warunki życia, nie znajdujemy teraz przejściowych, łączących form? Zarzut ten przez długi