Państwo zakonne, które powstało nad Bałtykiem miało charakter szczególny i niespotykany gdzie indziej w Europie. Teoretycznie rzecz biorąc podlegało ono władzy Zakonu jako korporacji duchownej, znajdującej się pod protektoratem papieskim i cieszącej się nadaniami ziemskimi przyznanymi przez cesarza. Zakon występował w potrójnej roli: jako władza terytorialna, jako zwierzchnik feudalny i jako bezpośredni właściciel dóbr ziemskich i użytkownik uprawnień monarszych.
Najwyższą władzę w Zakonie sprawował wielki mistrz (magister generalis), który był dożywotnio wybierany przez kapitułę generalną Zakonu. W jej skład wchodzili mistrzowie prowincjonalni wraz z konwentem stołecznego zamku. W XIII w. formalnie istniało sześć prowincji: Prusy, Inflanty, Niemcy, Apulia, Achaja i Armenia. Z czasem w praktyce liczyły się trzy pierwsze. Po śmierci wielkiego mistrza jego zastępca wyznaczał pierwszego elektora, który wyznaczał drugiego, razem już wyznaczali trzeciego, we trzech czwartego i tak dalej, aż do trzynastu. W tym gronie musiało być ośmiu rycerzy, czterech służebnych i jeden ksiądz, którzy reprezentować musieli wszystkie prowincje zakonne. Nie wolno było wybierać wielkiego mistrza z grona elektorów. Jeśli pojawiła się taka możliwość, kandydat ustępował miejsce w komisji komuś innemu. Ten system gwarantował zgodny wybór wielkiego mistrza. Wiele razy w dziejach Zakonu wielki mistrz był po jakimś czasie odsuwany od władzy, niekiedy sam rezygnował z godności, ale nigdy nie doszło do niezgodnej elekcji. Kapituła generalna winna była zbierać się każdej jesieni.
