Syn Samuela, rabina poznańskiego, słynnego kabalisty. Urodził się w Poznaniu około roku 1540. Był uczniem wielu współczesnych znakomitości talmudycznych, a między innymi Salomona Luriego. W Krakowie, obrany na przewodnika uczelni talmudycznej, pełnił ten urząd przez długi czas, z małą tylko przerwą, gdyż powołany został do Wiednia, gdzie przez kilka lat przebywał. Trapiony tęsknotą do kraju rodzinnego wrócił na dawne stanowisko i umarł w Krakowie 21 listopada roku 1616 w wieku lat przeszło 70. Margolioth był płodnym i wszechstronnym pisarzem, a pisał wierszem i prozą. Wydał „Zohar Chadasz“ z poprawkami i dodatkami w roku 1603, napisał dzieło p. t. „Chasde Adonai“ (Laski Wiekuistego), zawierające objaśnienie 13-u atrybucji (Middoth) bożych i wyszłe w Krakowie w roku 1589. Skomponował także elegie „Elohim limadetani mineuraj“, w której opłakuje śmierć dwóch braci, Mojżesza i Judy Jekutiela, ściętych niewinnie w Warszawie roku 1596. Mojżesz Mordechai Margolioth sławionym jest przez współczesnych, jako mąż świętobliwy, pobożny, wielce biegły w rytuale i w homiletyce, w kwestyach halachicznych i w egzegezie. Jego elegie wydane zostały w Dyrenfurcie roku 1602, razem z elegiami Sabataja Kohena, opłakującego ruinę Żydów wskutek wojen kozackich, odmawiano je w Krakowie rok rocznie w uroczyste święto „Jom Kipur“ przed modlitwą „Musaf“.
