Współcześni kronikarze podają o nim, że znał całą literaturę judaistyczną na pamięć. Przytym był najwybitniejszym kabalistą swych czasów i bardzo oczytanym w literaturze filozoficznej. Majątek poświęcił na cele dobroczynne i naukowe. W trzydziestym drugim roku swego życia gmina Krakowska obrała go na przełożonego akademii talmudycznej i kaznodzieję. Swiętobliwą tę postać podania ludowe oplatają wieńcem opowiadań o nadprzyrodzonym wpływie i cudach, dokonanych przez tego słynnego kabalistę. Napisał dzieło pod tytułem: „Megale Amukoth“ (Odsłaniający głębie), jestto komentarz kabalistyczny do Pięcioksięgu. Z innych jego dzieł są znane komentarze i uwagi do Zoharu, poezye liturgiczne, elegie na prześladowanie Żydów, mnóstwo responzów, nowele do kodeksu znanego uczonego Józefa Karo, podręcznik do nauki kabalistycznej i wiele innych drobniejszych prac. Miał trzech synów, Salomona, Mojżesza i Izaaka chlubnie znanych w literaturze judaistycznej. W 48 roku swego życia zmarł Natan Spira, jak twierdzą kronikarze z wyczerpania sił nadmierną pracą umysłową. Synowie jego Salomon i Mojżesz wydali „Megale Amukoth“ w Krakowie w dwa lata po śmierci swojego ojca. Salomon, powołany na rabina do Satanowa, podczas wojen kozackich zamordowanym został w roku 1650, mając lat 32.
Jeden z pierwszych rabinów gminy żydowskiej w Grodnie, znany z nadzwyczajnej religijności, przez co otrzymał przydomek „Hechasyd“. Był potomkiem rodziny z Niemiec do Polski przybyłej i podpisywał się jeszcze Spira–Aszkenazy (t. j. Spira z Niemiec, mianowicie z miasta Speier w Niemczech). Szczycił się pokrewieństwem słynnego hi-