Przywiązana doń była główna parafia wileńska; instytut zakonu zabrania zajmować się zarządem parafij, za pozwoleniem więc Stolicy św., biskupa i kapituły ustanowiono zamiast archiprezbitera, administratora, vicarium perpetuum z kleru świeckiego, dodano do pomocy trzech świeckich księży i ci w czwórkę sprawowali obowiązki duszpasterskie. Rektorowi przysługiwało prawo prezenty, ale też i obowiązek utrzymania administratora i jego pomocników. Oddano im więc wszystkie jura stolae i opatrzono roczną pensyą i mieszkaniem, za to dobra ziemskie i realności probostwa przeszły na własność kolegium[1].
Stary gotycki kościół św. Jana rozszerzono, odnowiono i opatrzono w nowe organy, dzwony i przybory kościelne i od razu rozpoczęto porządne nabożeństwa w duchu wprost przeciwnym błędom Lutra i Kalwina. A więc oprócz mszy św., kazań polskich, łacińskich, włoskich i niemieckich i katechizmu, wprowadzono szczególniejszy kult Najśw. Maryi Panny w każdą sobotę i doroczne jej święta i kongregacye mariańską. Podniesiono cześć Najśw. Sakramentu częstem wystawieniem i adoracyą, a później bractwem Najśw. Sakramentu i 40 godzin. nabożeństwem. W ołtarzach i kaplicach osadzono obrazy Świętych, pędzla znakomitych włoskich malarzy. Powoli przyzwyczajono wiernych do częstszej spowiedzi i komunii, słowem niedługo czekać, a kościół świętojański stał się ogniskiem pobożności katolików wileńskich. Kaznodziejom przodował O. Warszewicki „z naciskiem do siebie (napływem) kazania miewał, że po 3 i 4 tysiące auditora jego rachowano; z takim pożytkiem. że wielu bardzo od grzechów do szczerej pokuty, od błędów heretyckich do prawdziwej wiary katolickiej nawracało się[2].
- ↑ Kapituła wileńska zrobiła i przeprowadziła ten układ. Pensya roczna wynosiła 6 kop. gr. lit. (138 złp.) 4 beczki żyta, dwie szynki, dwa sadła, półbeczek grochu i tyleż krup dla każdego z księży, dla księdza zakrystyana 2 kopy gr. więcej
- ↑ Niesiecki IX. 233. Rostowski 43. 44.
objęli w posiadanie kościół św. Jana, nie korzystali z niego. (Rostowski. 42. Ossoliński. Wiad. hist. kryt. II. 155—235.)