Jezuici, a przez lat kilka OO. Skarga i Warszewicki, byli kaznodziejami porannymi w kolegiacie pułtuskiej i w swym kościele i misyonarzami dyecezyalnymi, z fundacyi (10.000 złp.) biskupa płockiego Jędrzeja Chryzostoma Załuskiego (missio Zalusciana) 1696 r., którą powiększył 1719 roku kościołem i domem misyjnym brat Jędrzeja, także biskup płocki, Ludwik Załuski. Bratanek obydwóch, Michał Załuski, łowczy w. k., fundował 1731 r. misyę z kościołem i domem w Żyrominie, dla 4—6 misyonarzy, którzy utrzymywali tam szkołę elementarną.
Rostków, miejsce rodzinne św. Stanisława Kostki, nabyli Jezuici od Józefa Zielińskiego za 48.000 złp. i już 1730 r. prosili biskupa płockiego Jędrzeja Stanisława Kostkę Załuskiego o pozwolenie wybudowania tam drewnianego kościoła św. Stanisława Kostki z domem misyjnym. Biskup, który z namowy kapituły, odebrał 1724 r. Jezuitom seminaryum i oddał XX. Łazarzystom, odmówił. Dopiero następca jego Antoni Dembowski i to za naleganiem nuncyusza Serbelloni, przychylił się 1741 r. do ich prośby, konsekracyi jednak kościoła dokonał tenże sam Jędrzej Stanisław Kostka Załuski, biskup podówczas łucki 1744 r. Dom misyjny w Rosikowie otwarto koło 1756 r.
Morowe powietrza, pożary 1613 i 1646 roku, Szwedzi 1656—1659 i 1703—1705 r., Sasi i Moskwa 1705—1710 i 1734—1736 r., wylewy Narwi 1714 i 1717 r., podkopały dobrobyt pułtuskiego kolegium na długie lata i przerwały bieg nauk szkolnych.
Po kasacie zakonu 1773 r. nauczali w szkołach ex-Jezuici, od 1781 r. OO. Benedyktyni, aż do 1830 r., w którym rozegnał ich ukaz Mikołaja I.
Początki tego kolegium i akademii, opowiedziałem w księdze pierwszej. Czem Brunsberg i Pułtusk dla Warmii i Mazowsza, tem Wilno dla Litwy i Żmudzi, stało się ono ogniskiem katolickiej propagandy przez misye, prace kapłańskie i szkoły. Zrazu 700, potem 1000 i więcej uczniów z Prus, Inflant, Żmudzi, Litwy i Rusi, uczęszczało do akademii. Nauczali w niej od 1580—1650 r. znakomici mistrze cudzoziemcy, jak OO. Vega, Arias, Brantus, Ortiz, Frisius, Klage, de Soxo, ale i Polacy jak: Grodzicki, Smiglecki, Bembus, Fabrycy Kowalski, Beyer, Markwart, Szyrwid, Olszewski, Ugniewski, Sarbiewski, Cieciszewski, Kojałowicz i t. d. Od połowy XVII w. uczyli już tylko polsko-litewscy Jezuici. Królowie Wazowie otaczali akademię czcią i opieką, zatwierdzali jej przywileje, bywali na uczonych dysputach i promocyach. Fryderyk August II nadał akademii przywilej monopolu nauczania w Litwie 19 listopada 1726 r., jaki posiadała od 1635 r. alma mater w Koronie.
»Niespokojne czasy« rzpltej, zwłaszcza kilkoletnia okupacya Wilna przez Moskwę, wojna północna i zarazy, sprowadziły dłuższą przerwę (1654—1662 i 1706—1711 r.) w wykładach i zubożenie akademii. Katedra prawa cywilnego, fundowana przez podkanclerzego Kazimierza Sapiehę 1644 r., wakowała przez 100 lat, bo wskrzeszono ją dopiero 1760 r. i to na
