Częste pożary ścieśnionego, na pół drewnianego Wilna, zniszczyły także kolegium akademickie. Raz 1655 r., gdy Moskwa zdobyła i spaliła miasto. Odbudowali je 1662 r. i powiększyli znacznie 1690, 1716—1728 r. rektorowie: Kazimierz Kojałowicz, Franciszek Kucewicz, Arent, Władysław Dauksza, ale ponowny pożar miasta 1737 r., i trzeci straszniejszy jeszcze 1741 r., obróciły kościół i kolegium akademickie w popiół i gruzy. Powoli odbudowano je i rozszerzono jeszcze.
Nie przestając na pracy szkolnej i kapłańskiej w Wilnie, Jezuici świętojańscy apostołowali w polskim, ruskim i litewskim języku, najprzód na stacyach misyjnych w swych dobrach, w których pobudowali drewniane kościoły: w Dworzyszczu, Żmujdkach, Bezdanach, Poczajewiczach, Kościeniewiczach, Janiszkach. Z fundacyi (10.000 złp.) kanonika wileńskiego Marcina Żagla 1640 r. (missio Żagielana), dwóch Jezuitów kolegium św. Jana pouczało misyami lud na pograniczu Kurlandyi i Inflant. Probostwo z kościołem w Wisztyńcu, nad wschodnio-pruską granicą, nadał król August III r. 1736, na przedstawienie biskupa wileńskiego Jana Michała Zienkowicza, jako misyę cum cura animarum Jezuitom świętojańskim, którzy ją 1760 r. oddali napowrót klerowi świeckiemu. W miasteczku Łuczaju w powiecie wilejskim, przy farnym kościele założyła (4.000 złp. na wsi Kukisze) 1766 r. kasztelanowa mścisławska Elżbieta z Ogińskich Puzynina, największa akademii wileńskiej dobrodziejka, z bratem swym Janem Tadeuszem Ogińskim, kasztelanem trockim, dom misyjny dla 8 księży.
Znamy już dzieje poznańskiego kolegium w pierwszych jego lat dziesiątkach. Zasłużyli się w niem nauką, pracą kaznodziejską i misyonarską Jezuici: Wujek, Wysocki, Herbest, Jan Konariusz † 1614 roku, Wojciech Theobolsciusz 1611 r., Stanisław Grodzicki † 1614 r., Stanisław Gawroński † 1620 roku, Adryan Radzimiński, Gutteter Dobrodziejski, Olszewski, Drużbicki, Wapowski, Młodzianowski, Miaskowski, Trąbczyński, Bystrzonowski i t. d. Pomyślność jego zasępioną została odebraniem z pod zarządu Jezuitów seminaryum dyecezyalnego 1614 r. przez biskupa Jędrzeja Opalińskiego, z namowy niechętnej im kapituły. Nie wpłynęło to na rozwój szkół poznańskich z filozofią i teologią, do których uczęszczali młodzi Jezuici, wygnani wojną 1619 r. z Pragi i Ołomuńca, 1632 r. z Głogowa, Żeganu i Nissy, oraz wygnani przez Szwedów 1626 r. Cystersi z wielkopolskiego Paradyża.
Okupacya Poznania przez Szwedów i Brandenburczyków 1655—57 r. rozproszyła szkoły, spustoszyła kolegium. Wnet je odnowiono, u jenerała zakonu Oliwy, uzyskano 1657 r. prawo nadawania stopni akademickich, u króla zaś Jana Sobieskiego, przywilej na akademię 1678 r., odwołany na sejmie 1685 r. Nie zrażając się tem, dźwignięto najprzód 1701—1705 roku nowy wspaniały kościół św. Stanisława (dziś fara św. Maryi Magdaleny), wybudowano od 1706—1732 r. olbrzymie dwupiętrowe kolegium, które powiększono jeszcze przedłużeniem lewego skrzydła 1745—1752 r., wyłożyw-
