Po ogłoszeniu Klemensowego brewe 12 października 1773 r. przez delegata biskupiego ks. Macieja Pruskiego, kilku ex-Jezuitów pozostało przy nauczaniu w szkołach (humaniora z retoryką), które 1782 roku zamknięto, otwarto natomiast miejską szkołę normalną. Kościół św. Jana, po zawaleniu się kolegiaty, zamieniono 1804 r. na farę.
Opowiedziałem początki 1580 r. i jego dzieje do 1590 r. (str. 17, 18). Szkoły, humaniora z retoryką, zrazu mało liczne, miały po 300—600 uczniów; r. 1644 otwarto kursa filozofii i fizyki, ale tylko dla kleryków jezuickich. Z śmiercią kalwina wojewody Dorohostajskiego 1597 r., usunęła się walna podpora dyssydentom i dysunitom. Następca jego Jędrzej Sapieha, katolik ze szkoły Hozyusza, wspierał Jezuitów w pracach na polu szkolnem i apostolskiem. Corocznie wracało na łono Kościoła po kilkadziesiąt dysunitów, i po kilku dyssydentów, topniejących widocznie. Wyjeżdżali też na misye ludowe, zwłaszcza wzdłuż pogranicza gubernii pskowskiej i w odebranej 1611 r. Smoleńszczyżnie. Podczas głodu i zarazy 1601—1603 r. 18 Jezuitów połockich poświęciło się posłudze zapowietrzonych, wymarli wszyscy i 4 nowicyusze. Więc nowicyat, który po wzięciu Rygi przez Szwedów 1600 r. tu otwarto, przeniesiono do Wilna, kleryków zaś retorów do Nieświeża; wrócili 1609 r. Wielki pożar Połocka 1643 r. obrócił w perzynę drewniane kolegium i kościół. Młodzież zakonną wyprawiono znów do Wilna, księża i bracia zamieszkali w swej willi w Ekimanii, zanim 1647 r. nie stanęło nowe kolegium, parter murowany, dwa piętra drewniane i takiż kościół farny. Wnet jednak, gdy 1654—1660 r. Moskwa zajęła Połock, władyka carski Kalikst, rozebrać kazał kościół i postawić na zamku pałac dla siebie, w którym się, w szale pijaństwa powiesił. Po ustąpieniu Moskwy, wybudowano na prędce kościół farny i drugi św. Franciszka Ksawerego w rynku, na miejscu zboru kalwińskiego, spalonego przez najezdców. Urządzono rezydencyę dla kilku księży i braci; kolegium z szkołami aż do retoryki, otworzył ponownie po rozejmie andruszowskim 1667 r., rektor Śląski. Aliści 9 stycznia 1682 r., pożar wskutek niezagaszonej świecy w celi, zniszczył kolegium, ocalał parter sklepiony, a w nim biblioteka; kościół uratowali studenci.
Rok 1705 pamiętny okupacyą Moskwy, niszczącej przez lat 6 kolegium i jego dobra, i przyjacielską wizytą »obrońcy wolności polskich« cara Piotra, raz dnia 24 czerwca w ogrodzie kolegium, drugi raz 29 t. m. w sali jadalnej, gdzie razem z Jezuitami obiadował i pił ich zdrowie. Inaczej obszedł się z Bazylianami. Dokuczliwszą była powtórna okupacya Moskwy 1734—1736 r., bo oprócz zwykłych gwałtów i grabieży, tajny komisarz carowej Anny, Dubrowin z kirasyerami rotmistrza Tołstoja, uprowadził 300 rodzin z dóbr kolegium, pod pozorem, że to są zbiegowie z carstwa, do Wielkich Łuk na posielenie, a tytułem zwrotu zysku, jakie te moskiewskie wrzekomo rodziny Jezuitom przyniosły, kazał zapłacić po 50—70 rubli od głowy. Połowa tych nieszczęśliwych wymarła w drodze.