Jan Kazimierz przywrócił Jezuitów do Torunia. W latach 1691—1702 dźwignął im nowe dwupiętrowe kolegium biskup płocki, potem kujawski, wreszcie nominat krakowski, Stanisław Dąbski, oni zaś dwa domy od Ludwika Mortęskiego, brata ksieni wojewody chełmińskiego, darowane, przerobili na gmach szkolny.
Podczas wojny północnej rozzuchwalili się lutrzy toruńscy, dokuczali Jezuitom i ich szkołom. Odwet brać chciała młodzież szkolna, liczna, bo do 700 uczniów, butna bo szlachecka, z trudnością utrzymali ją w karbach Jezuici, aż do onego nieszczęsnego tumultu 1724 r., którego przebieg i koniec tragiczny opowiedziałem wyżej (str. 128). Toruń jednak, podobnie jak Gdańsk, pozostał zawsze wrogi Jezuitom, nietylko dla szkół, do których i lutrzy uczęszczali, ale dla wskrzeszenia publicznej procesyi Bożego Ciała, i katolickiego kultu, dla licznych nawróceń protestantów po 20 i 30 rocznie, i dla ich troskliwej opieki nad ludnością polską katolicką, którą usuwano od praw miejskich i uciskano srodze. Więc też radość w mieście była wielką, gdy z początkiem listopada 1773 roku ogłoszono 21 Jezuitom brewe kasacyjne. Srebra i aparata kościelne pozostały w skarbcu i zakrystyi św. Jana. W szkołach, zredukowanych do 3 klas podwydziałowych, uczyli ex-Jezuici do 1782 roku, w którym przeniesiono je do Radziejowa w Kujawach, pozostała tylko szkółka dwuklasowa parafialna. W kolegium mieściły się koszary, od 1816 r. biura administracyi wojskowej.
Na prośbę ks. Skargi, przyrzekł król Zygmunt III r. 1595 założyć dom profesów, z bazyliką iście królewską św. Piotra i Pawła. Kamień węgielny poświęcono 23 czerwca 1597 r., na kopule osadzono krzyż 1618 r., budowanie trwało lat 36. Równocześnie murowano gmach naprzeciw presbiteryum bazyliki, przeznaczony pierwotnie na dom profesów, w którym już 1603 r. zamieszkało z ks. Skargą kilku Jezuitów, potem jednak 1617 r. obrócony na kolegium ze szkołami, ku wielkiemu zmartwieniu almae matris. W gmachu tym św. Piotra, zamknął iście apostolski żywot ks. Skarga 27 września 1612 r.; szczątki jego, złożone w cynowej trumience, spoczywają w grobowcu bazyliki pod w. ołtarzem.
Spór o szkoły publiczne z akademią krakowską znamy już. Zamknąć je musieli Jezuici, ale zatrzymali studium domesticum filozoficzno teologiczne, aż je zamknęło brewe Klemensa XIV.
Fundacyę królewską pomnożył z ojcowizny swej 1624 roku Jezuita Wojciech Męciński, męczennik za wiarę św. w Japonii, nadaniem miasteczka Nowodwór i 17 wsi. Poszło za jego przykładem kilkunastu młodych Jezuitów, zwłaszcza Adam Aleksander Zborowski, syn pułkownika Aleksandra na Mikulińcach, a wnuk ściętego Samuela, którzy całą, albo część fortuny ojcowskiej, przeznaczyli na budowę kolegium krakowskiego, na wykończenie i ozdobę bazyliki królewskiej. Czynili zapisy i inni, tak, że dotacya kolegium św. Piotra w połowie XVIII wieku, składała się z miasteczka, 40 kilku wsi i folwarków, 11 kamienic w Krakowie, dwóch ogro-
