W dobrach też swoich Uściu, Żyrzynie, Kamionnie, pobudowali kościoły i urządzili stacye misyjne, równie jak przy kościołach farnych w swym Nowodworze i Gołębiu.
Po kasacie w listopadzie 1773 r. kolegium św. Piotra przeznaczone na schronienie czy szpital dla 35 ex-Jezuitów starców, z roczną pensyą 500 złp. na osobę, która ich nie dochodziła, cierpieli więc nędzę. Od 1786 do 1806 r. urządzili w jednej jego części mogilscy Cystersi studium generale dla swych kleryków; w drugiej mieściło się seminaryum nauczycielskie, trzecia stała pustką. Od 1815—1846 r. część gmachu obrócona na rezydencyę senatu krakowskiego i biura. W starem kolegium umieszczono 1820 r. archiwum grodzkie i ziemskie województwa krakowskiego i miejskie, w reszcie zaś gmachu urządzono biura sądów apelacyjnego i krajowego i hipoteki.
Klejnoty i srebra kościelne zabrał prezes komisyi rozdawniczej biskup poznański Młodziejowski, w znacznej części dla siebie i swej przyjaciółki. Adamaszki, drogie obicia bazyliki, kosztowne ornaty, wielki organ, oddano do katedry na Wawelu. Odarta bazylika służyła za garnizonowy kościół wojskom polskim, austryackim, pruskim, rosyjskim; lat kilka stała pustką, zamknięta aż do r. 1824, w którym przeznaczono ją na farę parafii WW. ŚŚ. i jest nią po dziś dzień. Biblioteka, do której zniesiono księgozbiory domów św. Barbary i św. Szczepana, przez lat 12 zostawała bez niczyjej opieki, brał, co kto chciał. Ocalało 4.070 ksiąg, i te z woli komisyi edukacyjnej otrzymała biblioteka jagiellońska. Kamienice i realności sprzedano, dobra ziemskie dano w emfiteuzę.
Zygmunt III, mając zamiar stolicę państwa przenieść do Warszawy, chętnie w niej przebywał z swym dworem, nawet poza kadencyami sejmowemi. Towarzyszyli mu nadworni Jezuici Bernard Gołyński i Skarga. Ten pracując w wolnych chwilach przy kolegiacie św. Jana, założył 1589 i 1591 r. bractwo miłosierdzia, bractwo i szpital św. Łazarza, do którego przystąpili, król Zygmunt, niektórzy dygnitarze i dworzanie. Mieszkali na zamku, ale inni Jezuici, którzy u dworu i w stolicy kraju sprawy swe mieli, mieścić się musieli u obcych. Żartował tedy Gołyński ze Skargi: »Co ty za syn matris Societatis, ubogim budujesz domy, a mater Societas cudze tu wyciera kąty, opatrzże jej dom własny«. Słyszał przymówkę dawny pedagog Skargi, kanonik warszawski Jakób Pitarski: »Naści, rzecze do niego, 1.200 złp. na początek, a buduj dom matce Societati, aby ci O. Bernard nie przymawiał«. Jakoż w kilku miesiącach stanęła w pobliżu kolegiaty św. Jana, rezydencya »klasztorkiem« pospolicie zwana, z dziedzińczykiem i ogródkiem, z jałmużn od króla i dworzan, od niektórych panów i obywateli miejskich. Otwarto ją 14 stycznia 1598 r., superiorem O. Stanisław Włoszek. Nadworni Jezuici z zamku do niej się przenieśli, mieszkali i inni, i pracowali w jednej z kaplic kolegiaty, którą im biskup poznański
