i w farze, katechizowali dzieci i lud na Żuławach, nawracając corocznie po 20—30 innowierców.
Szkoły gramatykalne otwarto dopiero 1680 r., humaniora i retorykę po r. 1686 i umieszczono w domu poza obrębem zamku, darowanym jeszcze od króla Jana Kazimierza. Do erekcyi jednak kolegium malborskiego nie przyszło nigdy, dla braku dostatecznego uposażenia, chociaż superior Jan Hoffman, rozpoczął 1746 r. budowę nowego gmachu pod przyszłe kolegium. Podczas wojny północnej w czerwcu 1708 roku, król Stanisław Leszczyński z matką i małżonką, z dworom i gwardyą, zamieszkał przez kilka miesięcy na zamku malborskim. Jezuici przyjmowali go ze czcią, ale z pewną rezerwą, jako króla nieuznanego jeszcze przez papieża, odprawiali według jego życzenia nabożeństwa, słuchali spowiedzi jego świty i żołnierzy. Jakoż na wiosnę 1709 r. regimentarz Rybiński odebrał Malborg na rzecz króla Augusta II.
Trzy stałe misye obsługiwali malborscy Jezuici. Pierwszą w Koźliczkach, tuż pod Malborgiem, gdzie od 1650 roku mieli folwarczek. Zrazu pracowali w kościele farnym, r. 1700 biskup chełmiński Teodor Potocki oddał im kościół i parafię w zarząd. Drugą misyę w Fürstenwerder na Żuławach, koło 1743 r., skąd dochodzili do Elbląga, pomagać proboszczowi przy kościele św. Mikołaja, aż się im udało otworzyć stałą misyę w tem mieście, prawda, że tylko na czas okupacyi rosyjskiej 1758—1762 r. Magistrat bowiem luterskiego Elbląga, jak za kardynała Hozyusza 1573 r. wygnał misyonarzy jezuickich, tak wyganiał ich zawsze, ile razy osiedlić się w mieście próbowali.
Fryderyk II zająwszy pierwszym rozbiorem Malborg, zostawił Jezuitów i ich szkoły do 1780 r. w spokoju; kościołem zarządzali do 1784 r.
Chojnicki proboszcz Jan Doręgowski, odebrawszy dekretem Zygmunta III roku 1616 kościół farny z rąk protestantów, osadził przy nim 1620 r. jako misyonarzy dwóch Jezuitów. W latach 1628—1641 uczynił fundacyę przyszłego kolegium, zapisując dziedziczne Doręgowice i pewne grunta, które powiększył krewny jego, Stanisław Doręgowski, nadaniem dóbr Moszenice i Steinberg 1688 roku. Dopiero jednak 1749 r. rezydencya chojnicka zamieniona w kolegium. Szkoły niższe otwarto już 1622 r., humaniora i retorykę 1662—1663 r., kurs teologii moralnej 1681 r., obok nich bursa Doręgowskich dla 7—10 ubogiej szlachty.
Kapłańską pracą Jezuitów, którzy mówili także niemieckie kazania, stopnieli wkrótce różnowiercy; nawet ci, co w wojsku saskiem służyli, nawracali się gęsto. Kościół drewniany postawiony 1640 r.; na jego miejscu murować zaczęto nową świątynię 1718 r. Rozruchy domowe i »niewczesna wizyta północnych żołnierzy« 1763—1770 r. przyprowadziły kolegium do ruiny i długów. Okupacya pruska 1772 r. nie przerwała biegu prac kościelnych i nauk. Trwały one do 1780 r.