Roku 1660 rozpoczyna się druga, odbudowaniem drewnianej kaplicy i rezydencyi i otwarciem 1664 r. szkół niższych. Przybyła im 1666 r. poetyka, 1678 r. retoryka, 1725 kurs filozofii. W kościółku bł. Stanisława, mówią kazania polskie i litewskie, czasem i niemieckie; dwaj misyonarze apostołują w powiecie kowieńskim. Rezydencya od 1702 r. nosi nazwę kolegium rozpoczętego, ale dla podciętej wojną północną i innemi klęskami fortuny, dopiero 1761 r. zamieniona na kolegium. Już też wicerektor Kazimierz Przeciszewski i dwaj następcy, dźwignęli 1750—1759 r. piękny kościół św. Stanisława Kostki z kamienia i cegły, a rektorowie Tomasz Karwacki i Franciszek Paprocki, wymurowali 1761—1768 r. obszerne gmachy kolegium.
Należała do niego misya w Kiejdanach, dyssydenckiem miasteczku Radziwiłłów birżańskich. Dla oporu kalwinów, nie mógł stałej misyi założyć Krzysztof Zenowicz, starosta oszmiański, jak tego pragnął, 1703 r. Więc dojeżdżając z Kowna, pracowali misyonarze w Kiejdanach; dopiero 1747 r. otwarto dom misyjny z kościółkiem, w którym, równie jak w farze, mówili polskie, litewskie i niemieckie kazania, a przytem obsługiwali kaplicę w Opitołokach.
Brewe Klemensa XIV zniosło 1773 r. tę misyą i kowieńskie kolegium, w którem umieszczono szkoły podwydziałowe. Piękny kościół pojezuicki, przez lat 50 studencki, zamieniony został 1824 r. na cerkiew farną, potem 1843 r. na katedrę prawosławną.
Już 1620 r. biskup kijowski Bogusław Radoszewski, sprowadziwszy Jezuitów misyonarzy do Kijowa, chciał im fundować kolegium, ale oni wobec burzliwości żywiołu rusko-kozackiego, woleli mieć dom w Chwastowie, cichem biskupiem miasteczku 6 mil od Kijowa.
Dostatnio uposażoną miasteczkiem Konotopem i 3 wsiami rezydencyę, otwarto 1623 r., w dwa lata później dano początek szkołom, którym przybyły 1627 r. humaniora, 1638 r. retoryka. W dobie »chłopienia« kozaczyzny, gdy uciszyło się nieco w Kijowie, Jezuici chwastowscy przenoszą całą fundacyą do prastarej stolicy Rusi, i udaremniwszy wszelkie zabiegi metropolity Mohiły, w wrześniu 1647 r. otwierają kolegium kijowskie z szkołami i retoryką. Utorowali sobie do tego drogę trzydniowa 8—11 czerwca 1646 r. rozmową (colloquium) o pochodzeniu Ducha św. O. Cichockiego z rektorem mohylańskiej akademii Innocentym Gizelem, wobec licznej szlachty i uczonej publiki ruskiej; z profesorami też akademii i dysunitami zachowali zgodne stosunki.
Nie trwało to długo; bunt Chmielnickiego zmusił Jezuitów do rozpuszczenia szkół i zamknięcia kolegium w lecie 1648 r. Fundacyą chwastowsko-kijowską przyłączono do uposażenia kolegium owruckiego.
