Z ofiar i jałmużn całej Polski, dźwignięto 1688—1702 r. wspaniałą świątynię z dwoma wieżami i kolumnadą, ale dla wojny północnej, wewnętrzną jej ozdobę i malowanie wykończono dopiero 1714—1730 r.
Rząd pruski miał szczerą ochotę zamknąć misyę św. Lipki, która corocznie rozsyłała księży do 10 miasteczek staropruskich z słowem Bożem i nabożeństwem, a w świątyni olbrzymiej utrzymywała jak rok długi, nieustającą misyę. Nie zamknął jednak, nie tyle z obawy przed królem polskim, jak przed studentami jezuickimi, ażeby ci w odwecie za św. Lipkę, nie poburzyli protestanckich zborów na Litwie i nie wygnali ich ministrów. Pozostali więc Jezuici misyonarze, było ich 6—8, przy św. Lipce, aż do 1780 r., potem jeszcze jako ex Jezuici aż do 1816 r., w którym zamieniona na probostwo świeckie z wikaryuszami. Warmiński biskup Thiel, pragnąc podnieść okazałość odpustowego miejsca, starał się przed kilku laty u rządu o sprowadzenie do św. Lipki Benedyktynów niemieckich, ale rząd, z obawy snać wzmocnienia katolicyzmu w Warmii, otoczonej jak wyspa na morzu protestantami, odmówił pozwolenia.
Na mocy paktów 1603 i 1611 r., stanął w stolicy Prus książęcych skromny kościół parafialny 1616 r. dla katolików miasta i całego księstwa. »Pleban« Joachim Milovius, nie mogąc z dwoma wikaryuszami podołać pracy, zawezwał 1634 r. dwóch Jezuitów Tomasza Klage i Krzysztofa Szenka do pomocy, ale już 1635 r., wskutek jak się zdaje reklamacyi pruskiego rządu u króla Władysława IV, odwołał ich prowincyał Łęczycki. I znów 1647 r. dwaj Jezuici, Agejson i Hempel, pomagają plebanowi Wolfbegkowi w duszpasterstwie; zastąpili ich w pracy 1650 r. Jezuici Radau i Zieniewicz. Aby dorywcze misye zamienić w stałą uorganizowaną pracę, ofiaruje 1650 r. królowa Ludwika Marya 500 złp. rocznie na dom misyjny (płaciła tę sumę tylko do 1654 r.), wstawia się do biskupa warmińskiego Wacława Leszczyńskiego, król zaś do księcia i do plebana, i w sierpniu 1650 r. dom »misyonarzy JM. Króla Polski i Szwecyi« dla Prus książęcych w Królewcu otwarty.
Książę odmówił im drugiego kościoła, więc pracowali przy farze, mówiąc kazania niemieckie, na które przychodzili profesorowie i studenci akademii królewieckiej, polskie, potem i litewskie dla roboczej głównie ludności; odwiedzali pilnie chorych katolików i więźniów, otworzyli szkółkę katolicką dla polskich i niemieckich dzieci. Podczas zarazy 1653 r., gdy pastorzy protestanccy z rodzinami powymykali się z miasta, pozostali jedni Jezuici. O. Kuhn umarł na posłudze chorych, O. Radau postawił dla nich namioty, urządzał pogrzeby, zajął się sierotami. Zjednało to Jezuitom wielki mir, w szpitalach przyzywali ich protestanci do łoża śmiertelnego. W następnym roku otwarli konwikt dla zamożniejszych uczniów, O. Arent, filolog, był jego prefektem i profesorem.
Aż tu wojna szwedzka 1655 r., nagnała do Królewca moc senatorów, szlachty ale i ubogich ludzi, chroniących się przed grabieżą Szwedów. Za-
