Zdaje się, że dla umniejszenia tych dokuczliwości, misyonarze figurować poczęli około 1720 r. wobec rządu jako wikaryusze plebana. Nawrócenia protestantów powtarzały się często, rząd prześladował konwertytów, więc biskup warmiński Teodor Potocki założył dla nich 1722 r. osobny dom przy kolegium brunsberskiem. Srogi wyrok toruński 1724 r. poruszył studentów i gmin, iż wpadli do kościoła, krzycząc i złorzecząc; idących ulicą Jezuitów znieważali; regencya kazała zamknąć 3 szkółki katolickie i konwikt. Także Fryderyk II ograniczył misye jezuickie do nabożeństwa »w izbie przy drzwiach zamkniętych«, ale w św. Lipce i Królewcu nie kładł zapory ich gorliwości.
Pożar dzielnicy Sackheim 11—13 listopada 1764 r. zniszczył kościół, plebanię i 7 domów należących do misyi. Król nie dał pieniędzy na odbudowanie świątyni, pozwolił jednak plebanowi i prowizorom na zbieranie składek, z których 1769—1777 r. wymurowano kościół nowy. Jezuici z jałmużn zebranych w Polsce, odbudowali 1772 r. rezydencyę i 4 domki i pracowali jako wikaryuszowie plebana Szmida do 1780 r., w którym ogłoszono im kasacyjne brewe.
Tylża nad Niemnem, zrazu wieś i zamek krzyżacki, od 1537 r. miasteczko protestanckie, z garstką katolików z Żmudzi i Litwy, nie miała katolickiego kościoła, tylko dziedzice podmiejskiej wsi Santainen, Doręgowscy, wybudowali 1663 r. sporą kaplicę jako grób familijny, a gdy się ta zawaliła, naprawiono ją 1692 r. dodawszy dwa domki, dla kościelnego jeden, drugi dla dojeżdżających misyonarzy. Byli nimi Jezuici z Królewca i Kroż; kanonik warmiński Stanisław Siemaszko uposażył misyę dwoma wsiami na Litwie. Na razie biskup warmiński Załuski dał dla Tylży plebana, Koestlinga, ale 1707 r. powołał go na probostwo w Seeburgu, a kościołek w Tylży z domkami powierzył dwom Jezuitom prow. litewskiej. Tu oni mówili kazania po litewsku, niemiecku i po polsku, i opatrywali potrzeby duchowne katolików w Lobiawie i Ragnecie, i 150 żołnierzy huzarów w Instruciu.
Trzy razy, 1725, 1732 i 1738 r., wydał król pruski Fryderyk Wilhelm, na nich banicyjne wyroki, ale biskupi warmińscy, Krzysztof Szembek i Teodor Potocki, zasłonili ich swoją powagą. Owszem, Jezuici uzyskali pozwolenie królewskie na budowę nowego kościoła swym kosztem i 1742 r. poświęcili kamień węgielny. Niestety, podstarości tylżycki Falk, wyrobił to w regencyi, że nowy kościół miał być oddany Augustyanom lub Bernardynom, ale nie Jezuitom, a król Fryderyk II zadecydował 1744 r.: »przy nowym kościele w Tylży niech nie będą Jezuici«. Więc oni, wyprowadziwszy fundamenta nad ziemię, zaniechali budowy i pozostali przy starej kaplicy Doręgowskich, prywatną swą szkółkę zamienili 1747 r. na szkołę katolicką publiczną i po dawnemu pracowali dla 10.000 katolików, wśród ciągłych dokuczliwości pruskiego rządu, od których okupacya Tylży przez Rosyan 1757—1758 r. dała im niejakie wytchnienie.
