Na tem się ogranicza udział Jezuitów w unii Ormian. Torosowicz ufny w opiekę króla i miasta, miażdżył swoich przeciwników. Oni skarżyli go w Warszawie i Rzymie, więc komisye, śledztwa, procesy trwają latami i lat dziesiątkami, nienawiść do osoby unickiego arcybiskupa przenosi się do unii samej. De facto nie istniała ona prawie, odżyła, gdy Aleksander VII na prośbę króla Jana Kazim. powierzył ją 1664 r. OO. Teatynom, włoskiemu zakonowi, który się nie spolszczył i przez to uniknął wad polskich, a po niegodnym Torosowiczu nastał pobożny i gorliwy Wartan Hunanian 1681. Ormianie, szczerzy katolicy, zlali się z Polakami jakby w jeden naród.
O dwie rzeczy spierali się Jezuici z alma mater, główną szkołą czyli akademią krakowską; raz gdy w Poznaniu, gdzie mieli kwitnące szkoły wyższe, otworzyć chcieli akademię nakształt wileńskiej; powtórnie, gdy w Krakowie, pod bokiem akademii, otworzyć pragnęli szkoły wyższe. Jedno i drugie zabraniała im akademia krakowska, stąd spór, przezwany »kłótnią«, której historycy i literaci polscy przez długi czas przypisywali znaczenie zbyt wielkie, twierdząc, że od tej kłótni rozpoczyna się doba upadku akademii krakowskiej a z nią upadku nauk w Polsce.
Nic nad to mylniejszego. Profesorowie jej, Józef Szujski w rozprawie: »Odrodzenie i reformacya«, Kazimierz Morawski w jubileuszowem dziele »Historya Uniwersytetu Krakowskiego« (tom II) dowiedli, że upadek głównej szkoły krak. rozpoczyna się w dobie humanizmu koło 1460 r.; że pierwsze jej reformy dyscyplinarne okazały się potrzebnemi już 1480, 1485 i 1491 r.; że biskupi krakowscy od Jana Konarskiego (1503—1523 r.) począwszy, a także synody prowincyonalne 1505, 1510, 1523 r. i sam papież Leon X. 1518 r., domagali się reformy akademii, a mianowicie rozszerzenia zakresu humanitarnych i przyrodniczych nauk, wprowadzenia greki i hebraiki. Zanim to uskuteczniono, zawitały nowinki religijne do Polski; biskupi zamiast reformować, bronić przed niemi musieli akademię. Wynosiła się też od niej już od 1525 bogatsza młodzież do Włoch, do Padwy, Bolonii a także do Niemiec, pomimo że zacny ks. Jakób Górski 1579 r. zreformował humaniora studia. Pozostała w Krakowie młodzież uboższa, ta swywoliła nad miarę, oddając się »rabusiostwu, bójkom krwawym, napadom rozbójniczym po okolicy, dzikości i barbarzyństwu«, zaco ją sądy miejskie i grodzkie ścinały bez litości.
