Co smutniejsza, alma mater była ubogą. Uposażenie jej przez Jagiełłę, dostatnie 1400 r., po odkryciu Ameryki i zmianie stosunków ekonomicznych, wydało się wprost śmieszne. Źle płatni profesorowie, obarczali uczniów wysokiem czesnem i różnemi opłatami, zależało im więc bardzo, aby tych uczniów mieli jak najwięcej i wcale nie mieli ochoty, odstępywać ich Jezuitom. Cała walka almae matris z Jezuitami o szkoły, to kwestya chleba; przyznawali to akademicy przed szlachtą na sejmikach i sejmach.
Jezuicka akademia w Poznaniu, dając naukę i stopnie bezpłatnie, odbierze im uczniów wielkopolskich; wyższe szkoły jezuickie w Krakowie umniejszą im uczniów z Małopolski, z czego więc żyć będą?
Przed Jezuitami jednak zasłaniali się gorliwością o chwałę akademii i jej przywileje, zwłaszcza o monopol nauczania privilegium exclmionis, w Krakowie i w odległości 30 mil, którego alma mater nie miała, a wyprowadzała go jako »zwyczajowe prawo« z słów erekcyjnego dyplomu Jagiełły: »w Krakowie ma być szkoła główna i jeden rektor nad wszystkimi jej uczniami... chcemy, aby wszystkie osoby szkolne i uczniowie do Krakowa przyjeżdżający i tam dla nauk się bawić mający, własnego (proprium) mieli rektora, któryby ich w sprawach cywilnych rozsądzał«. Trwożliwa o ów mniemany przywilej akademia, żądała już przy otwarciu rezydencyi św. Barbary w Krakowie 1583 r., aby położono Jezuitom warunek, że »nie mają prawa otwierania szkół w Krakowie«, a przynajmniej aby dodano: »bez naruszenia praw i przywilejów akademii«, pomimo, że Jezuici posiadali przywilej Pawła III, Juliusza III, Piusa IV, Pawła V. (10 marca 1571) otwierania szkół i akademii wszędzie, »nawet w miejscach, gdzie istnieją uniwersytety«. Oparł się więc podobnej klauzuli nuncyusz Bolognetti i nakłonił akademię, że przez 6 swych delegatów wystawiła (1 lutego 1583 r.) notaryalny akt, t. z. konsens, na otwarcie jezuickich szkół w Krakowie, byle ich uczniowie podlegali zwierzchności rektora akademii. Jezuici istotnie nie mieli wtenczas i przez lat z górą 30 zamiaru otwierania szkól w Krakowie; odradzali im to zresztą Possewin i wizytator jeneralny Carminata, głównie przez wzgląd na ubogie uposażenie 32 profesorów i mistrzów akademii.
Tak stały rzeczy, gdy na kongregacyi prowincyonalnej polskiej w Krakowie (1—9 sierpnia 1611 r.) powzięto myśl podniesienia wyższych szkół poznańskich (z filozofią i teologią), do godności akademii, jak wileńska, dla ozdoby Poznania i Wielkopolski i dla sparaliżowania wpływu luterskiej akademii w Królewcu na wielkopolską i pruską młodzież i ułatwienia tejże nabycia stopni akademickich. Myśl ta podobała się bisk. pozn. Opalińskiemu i senatorom wielkopolskim, przedłożyli ją szlachcie na sejmiku w Środzie, a za jej zgodą, wnieśli na sejmie 1611 r. prośbę do króla o wydanie erekcyjnego przywileju. Król podpisał przywilej 28 października t. r., 13 biskupów, 8 wojewodów, 14 kasztelanów, wielu dygnitarzy, urzędników, dworzan i szlachty opatrzyło go podpisami, na znak,
