Po tej uchwale, Ossoliński jako marszałek sejmu, oblatował styczniowe brewe Urbana VIII w grodzie warszawskim na wieczną rzeczy pamiątkę. Jezuitom, chcąc zatrzeć przykrość jaką wyrządził, fundował kolegium w Bydgoszczy.
Alma mater, pomimo monopolu nauczania, pozostała w dawnej niemocy. Już 1660 r. rektor jej Stanisław Jurkowski wyznał przed biskupem krakowskim Trzebickim, »iż nie było w niej żadnego mówcy, filozofa, prawnika, żadnego teologa, a profesorowie jej zaledwie warci być mistrzami szkół niższych«. Od śmierci Zygmunta III, przez wiek XVII i XVIII, oprócz Jus publicum Regni Poloniae Zalazowskiego, żaden z profesorów akademii nie wydał, nie już uczonego, ale przynajmniej pożytecznego dzieła, jak zauważył w swej »Historyi szkół« (I, 195) Józef Łukaszewicz. Pozostała jednak wierną antagonizmowi z Jezuitami, jak zobaczymy niżej.
Spór Jezuitów z akademią krakowską wprowadził nas w czasy Władysława IV. »We wszystkiem niepodobny ojcu swemu«, jak go scharakteryzował nuncyusz Visconti, podobny mu był w łaskawości dla Jezuitów, której rozjemstwo w sporze z akademią nie zaćmiło. Nie mogło być inaczej. Od lat chłopięcych nawykł do Jezuitów, widział ich na pokojach i w kaplicy zamkowej, często u stołu. Naukami jego i braci kierowali Jezuici, Przemysław Rudnicki, Adam Henning i Andrzej Markwart. Spowiednika przez całe życie nie miał innego, tylko Jezuitę — przez długie lata O. Jana Lesiewskiego, po nim zaś Pstrokońskiego; dysponował go na drogę wieczności w Mereczu O. Jerzy Schoenhof. Kazań słuchał, nawet czasu polowania »pod namiotem«, OO. Macieja Sarbiewskiego i Wojciecha Cieciszewskiego. Na wyprawach wojennych towarzyszyli mu Jezuici kapelani obozowi, u wód badeńskich i na zjeździe z Ferdynandem III w Nikolsburgu 1638 r. miał z sobą OO. Pstrokońskiego i Sarbiewskiego; synka jedynaka Zygmusia powierzył na wychowanie O. Schoenhofowi; na historyka swego panowania przeznaczył O. Jerzego Wituskiego. »Bywało, że Jezuitów do siebie na zamek zapraszał, niekiedy sam ich odwiedzał, i wysławszy naprzód z zamku potrawy i stoły, w kolegium z nimi obiadował«. To znów z królową Cecylią przyjął u nich podwieczorek na willi w Łukiszkach. Do jenerała Vitelleschi pisywał listy polecające za różnemi osobami. Przyjechawszy dworno do Wilna na poświęcenie kaplicy św. Kazimierza, którą ojciec jego wybudował, zwiedził akademię wileńską, 5 lipca
