Przywiózł on »królewski komentarz regulaminu«, który odczytano na prywatnej, z rzędu 25-ej sesyi 10 paźdz. Nie poprzestali na tem dyssydenci, ale wysłali do króla Adama Reja i Güldensterna. Pojechał za nimi O. Schoenhof. Wrócili po 2 tygodniach. Ossolińskiego zastąpił jako legat Leszczyński.
Rozpoczęły się spory na sesyach prywatnych 26, 27 i 28-ej od 25 paźdz. do 2 listop. już nie o regulamin, ale o rewizyę »likwidacyi kalwińskiej i luterskiej«. Katolicy nie chcieli ich wciągnąć do protokołu; dyssydenci, ponieważ wydrukowali już je za granicą i rozesłali współwyznawcom, książętom i miastom, odmówili w nich zmian wszelkich. Więc na sesyi 29-ej d. 2 listop. O. Schoenhof złożył »ostatnią deklaracyę« katolików, na którą na prywatnej sesyi 32-ej, d. 6 listop. odpowiedział Gorajski ostatnią deklaracyą kalwinów; lutrzy zaś dlatego, że ich »deklaracyi« czytać nie pozwolono, wystąpili z »manifestem«, którym wciągnięto do protokołu.
Zamiast więc zgody, rosło naprężenie umysłów. Ponieważ dla pilnych interesów legat Leszczyński wyjechał na jakiś czas z Torunia, więc dopiero 18 listop. na prywatnej sesyi 35-ej, biskup Tyszkiewicz odpowiedział na ostatnią deklaracyę Gorajskiego.
Trzechmiesięczny termin colloquii upływał, więc na ostatnią 36-tą sesye 21 listop., lubo prywatną, przybyli legat, deputaci i wszyscy członkowie kongresu, ale w usposobieniu pojednawczem. Gorajski oświadczył, że miałby wiele do zarzucenia ostatniej przemowie bisk. Tyszkiewicza, dla braku jednak czasu i przez cześć dla biskupa, zaniecha tego. Archidiakon Jan Dowgiałło Zawisza odpłacił równą względnością, twierdząc, że katolicy mieliby jeszcze nie jedno przeciw deklaracyi Gorajskiego, ale pragną colloquium zakończyć in charitate. Na kalwiński manifest, przygotowali remanifest katolicy, na życzenie jednak legata, nie odczytali go. Poczem »sesya zamknięta i Colloquium, przy wzajemnem pożegnaniu i w braterskiej miłości«.
Nie tego spodziewał się król Wadysław. Czuł się upokorzony. Rozumiał że »przyjacielskim kongresem« potrafi wyrównać różnice religijne, zażegnać waśnie, rozrywające rzpltą; że za jego przykładem pójdą króle i książęta i zapanuje w Europie pokój religijny, podstawa politycznej harmonii. Skończyło się na marnych sporach o przedwstępne punkta, o regulamin i zarejestrowanie dwóch mizernych skryptów, a w dodatku na fałszywem przedstawieniu przebiegu Colloquii w »bezecnych kartach, które (dyssydenci) rozrzucają między pospólstwo«, jak się skarży król w przedmowie do autentycznych Acta Colloquii Thorunensis przez notaryuszów tej rozmowy, Kossa i Majbacha w Warszawie 1646 r. wydanych. Istotnie w ciągu dwóch lat 1644—46 r., ogłoszono 29 pism i rozpraw o toruńskiej rozmowie, ze strony przeważnie dyssydenckiej.
Podobnie jak próby pacyfikacyi dysunitów i dyssydentów zawiodły króla, spełzł na niczem projekt wzmocnienia tronu, instytucyą orderu i kawaleryi Matki Boskiej, z »królików« i najprzedniejszej szlachty złożonej,
